[Formations] le programme de mai de l’Urfist de Bordeaux

L’Urfist de Bordeaux vous propose plusieurs formations pour le mois de mai 2021.

Calendrier des formations de mai 2021 – Urfist de Bordeaux

Lundi 03 mai 2021 : [Démo / meet-up] Org-mode : un couteau suisse pour s’organiser au quotidien

Mardi 04 mai 2021 : Gérer facilement sa bibliographie avec Zotero

Vendredi 07 mai 2021 : A la découverte de R

Mercredi 12 mai 2021 : Initiation aux données de la recherche

Lundi 17 mai 2021 – Mardi 18 mai 2021 : Communiquer sur ses recherches pour différents publics

Mardi 18 mai 2021 : Zotero (Avancé/perfectionnement)

Mardi 25 mai 2021 : Réaliser un poster scientifique

Mercredi 26 mai 2021 : A propos de la neutralité des bibliothèques : David Lankes Digital Tour #NouvelleAquitaine

Jeudi 27 mai 2021 : Approfondissement Zotero : optimiser la gestion de vos PDF, améliorer vos données bibliographiques, et plus encore grâce aux modules complémentaires

N’hésitez pas à consulter notre catalogue pour connaître les formations prévues sur les mois qui viennent : https://sygefor.reseau-urfist.fr/#/program/bordeaux

A très bientôt dans nos formations.

L’équipe de l’Urfist de Bordeaux

[Formations] The David Lankes Digital Tour #Nouvelle Aquitaine !

L’Urfist de Bordeaux, en partenariat avec Médiaquitaine et Média Centre Ouest, a le plaisir d’organiser un atelier avec David R. Lankes, professeur en sciences de l’information et des bibliothèques de l’Université de South-Carolina.

David Lankes, 2020

David R. Lankes est l’auteur de « L’Atlas de la Nouvelle Bibliothéconomie » ou encore d' »Exigeons de meilleures bibliothèques ». Invité par l’Enssib comme chercheur invité, il devait venir en 2020 en France. La situation sanitaire a repoussé encore et encore sa venue et dans l’attente, nous organisons avec lui et avec l’Enssib, un David Lankes Digital Tour. Il passera donc virtuellement en France, d’abord à l’Enssib mi-mai pour parler de diversité, puis en Nouvelle Aquitaine pour parler de la neutralité des bibliothèques.

La rencontre se tiendra le 26 mai 2021 de 14h à 16h. Les inscriptions sont à faire à l’adresse suivante : https://sygefor.reseau-urfist.fr/#/training/9103/10526?from=true

Cette rencontre-atelier sera l’occasion de découvrir ce que la neutralité des bibliothèques signifie aux Etats-Unis, d’échanger avec David Lankes sur ce qu’elle signifie pour des bibliothécaires français, de discuter des enjeux de l’engagement des bibliothèques : open science, développement durable, égalité, diversité, etc. Ces discussions nourriront les réflexions de David Lankes pour la mise à jour de l’Atlas de la nouvelle bibliothéconomie.

Pitch de l’atelier : « Les concepts bibliothéconomiques d’objectivité et de neutralité sont de fait régulièrement remis en question. Or, éliminer les préjugés est non seulement impossible, mais ceux-ci, qui en vérité caractérisent notre vision du monde, contribuent à renforcer la confiance et l’empathie que nous pouvons avoir avec les communautés que nous servons. Ainsi, les bibliothécaires ne sont pas neutres en ce qui concerne des concepts tels que l’accès équitable, la préservation de la vie privée ou l’importance de l’alphabétisation. Un meilleur concept pourrait être emprunté à la communauté scientifique : l’honnêteté intellectuelle. Ici, les préjugés sont reconnus dans la mesure du possible, considérés comme existants même lorsqu’ils ne peuvent pas être facilement identifiés, et jouent un rôle dans les concepts émergents de crédibilité et de confiance. Dans cet atelier, nous explorerons l’interaction complexe des préjugés, de la confiance et de la mission de service public.« 

David R. Lankes est le directeur de l’école de Science de l’Information de l’Université de Caroline du Sud (USA). Il est également chercheur invité à l’Enssib et récipiendaire de du Prix Ken Haycock 2016, un prix décerné par l’American Library Association pour la promotion de la bibliothéconomie. Son livre, The Atlas of New Librarianship, a gagné en 2012 le Prix ABC-CLIO/Greenwood du meiller livre de bibliothéconomie. Lankes est un avocat passionné des bibliothèques et de leur rôle essentiel dans la société. Vous pouvez regarder le travail de David Lankes sur son site : https://davidlankes.org/

La rencontre et l’atelier se tiendront en anglais.

Focus sur Raphaëlle Bats, co-responsable de l’URFIST de Bordeaux

L’équipe de l’Urfist de Bordeaux s’est prêtée au jeu de l’interview pour son blog. Après les interviews d’Hélène Skrzypniak, et d’Isabelle Scarpat-Bouvet, c’est Raphaëlle Bats, nouvelle co-responsable de l’URFIST de Bordeaux, qui répond à quelques questions.

Bonjour Raphaëlle,

Depuis quand vous êtes co-responsable de l’Urfist de Bordeaux ?

Depuis peu en vérité, puisque j’ai pris mon poste le 4 janvier dernier. J’étais auparavant et depuis 10 ans à l’Enssib, l’Ecole nationale supérieure des sciences de l’information et des bibliothèques, à Lyon. J’y étais chargée des Relations Internationales, je participai également à l’enseignement et à la recherche. Venir à l’Urfist de Bordeaux est une nouvelle aventure, mais aussi un retour aux sources, puisque je suis bordelaise et de retour à la maison.  

Raphaëlle Bats, 2018

Qu’est-ce qui vous a poussé à venir travailler dans une Urfist ?

Je voulais continuer à travailler dans la formation, mais sans quitter le monde de la recherche.

Travailler dans le domaine de l’information scientifique et technique m’a paru un excellent compromis, qui me permet à la fois d’accompagner les chercheurs en devenir ou les chercheurs confirmés pour produire des recherches les plus intègres, les plus reproductibles, les plus partageables, et d’être au cœur des processus et des outils de fabrication de la recherche elle-même.

Travailler à l’Urfist, c’est  prêter attention à tous les outils numériques permettant de compiler, traiter, produire et diffusion de l’information scientifique pour assurer une bonne communication scientifique, qu’il s’agisse de rechercher de l’information, à travers les bases de données ou les corpus numérisés, de gérer ces bibliographies pour mieux organiser son travail de citation, de traiter les données de recherche pour s’assurer du bon usage de celles-ci mais aussi de leur partage possible, de publier des revues notamment en open access, etc. Bref, c’est une unité de formation avec laquelle j’apprends personnellement beaucoup.

Est-ce qu’il y a des axes de travail qui retiennent particulièrement votre attention ?   

En effet, et il y en a même plusieurs.

D’abord celui des thématiques transversales de l’Urfist. Nous couvrons toutes les étapes du processus de recherche, mais compte-tenu de l’intérêt que porte notre équipe d’une part à la science ouverte et d’autre part à la responsabilité sociale et environnementale, nous proposons un programme qui fait la part belle à trois grandes thématiques : le droit et la propriété intellectuelle, la reproductibilité de la science et enfin les relations science et société. L’offre de l’Urfist reflète et reflétera de plus en plus ces trois grandes thématiques.

Ensuite, celui des modalités d’acquisition des compétences et connaissances numériques. Nous partagerons notre offre entre des formations courtes, assez généralistes, destinées à faire acquérir une culture numérique sur des outils divers, et des formations plus longues, plus pointues, destinées à assurer aux stagiaires d’avoir le niveau nécessaire pour une véritable pratique numérique de ces outils. Je prends l’exemple d’Org-Mode qui est un vrai couteau suisse pour la recherche. Nous proposons en mai une formation découverte de 2h et au printemps une formation approfondie d’une journée.

Enfin, celui des modalités de diffusion de ces formations. Il est évident que la période est propice au développement de formations à distance et tout le programme de ce semestre est proposé effectivement en visio. Nous transformons et adaptons nos formations en conséquent, de même que nos intervenants. Par la suite, ce sont des compétences que nous ne voulons pas perdre pour proposer une offre de formation, avec des séances en présentiel, des séances en visio et des séances en co-modularité. Cela nous paraît d’autant plus important que ces formations à distance ou hybrides permettent à l’Urfist de toucher plus facilement son public, qui est, rappelons-le, celui de toutes les universités et institutions de l’ESR de Nouvelle Aquitaine. Les doctorants et chercheurs des universités Pau, Poitiers, Limoges, La Rochelle et Bordeaux sont le public que notre Unité Régionale de Formation à l’Information Scientifique et Technique (Urfist) a vocation à servir.  

Nous avons vu le programme prévu pour ce semestre, pourriez-vous nous donner un avant-goût du prochain semestre ?

Le programme est en cours de composition, mais il y aura notamment plusieurs formations sur le droit et la propriété intellectuelle, des formations sur la rédaction en mode texte et sur les outils de prise de note, des formations assez techniques sur R et sur Python, des formations sur les plans de gestion des données, et des formations sur la communication avec les médias.

Et en vérité, il y aura plein d’autres propositions, mais je garde un peu de suspense !!!

Merci Raphaëlle pour cette interview et rdv aux prochaines formations !

L’équipe Urfist de Bordeaux

[Formations] Le programme du semestre en un coup d’œil

Le programme du semestre printemps : janvier à juin 2021 est maintenant disponible sur notre catalogue : https://sygefor.reseau-urfist.fr/#/program/bordeaux

Vous souhaitez découvrir ce qui se cache derrière Org-mode ou ce que vous permettre R, comment aborder les données de la recherche ou encore si vous avez besoin d’identifiants chercheurs ? Nous vous proposons une série de formations « découverte » en 2h, pour comprendre les enjeux, pour apprécier l’utilité des outils pour vos recherches, et pour vous donner envie de vous lancer. Ces formations sont ouvertes à tous les publics de l’Urfist de Bordeaux.

Vous êtes déjà convaincus ? Vous voulez apprendre à utiliser ces outils, améliorer vos pratiques, vous construire de nouvelles habitudes de travail ? Nous vous proposons une série de formations d’une à deux journées sur le traitement des statistiques avec R, sur la communication scientifique avec les médias, sur la rédaction de posters, ou encore sur la gestion de vos bibliographies.

Les questions de droit et de propriété intellectuelle retiennent votre attention ? Nous vous proposons une série de stages dédiée à ce thème : publier en open access, conclure un contrat d’édition, utiliser des images, protéger des données personnelles, etc.

Pour voir le programme d’un seul coup d’œil, voici le poster du semestre.

Nous vous attendons nombreux et nombreuses sur nos formations. Pour vous inscrire : https://sygefor.reseau-urfist.fr/#/program/bordeaux

A bientôt !

L’équipe de l’Urfist de Bordeaux

[Formations] le programme d’avril de l’Urfist de Bordeaux

Calendrier du mois d'avril 2021
Le mois d’avril

Jeudi 1er avril : Propagation des rumeurs et désinformation sur Internet – Etudier, comprendre et se protéger des fake news [formation à distance interURFIST]

Mardi 6 avril : L’utilisation d’images (photos, oeuvres d’art, plans, graphiques…) dans les travaux de recherche : les droits et obligations du chercheur

Vendredi 9 avril : Approfondissement Zotero : optimiser la gestion de vos PDF, améliorer vos données bibliographiques, et plus encore grâce aux modules complémentaires

Lundi 12 avril : Préparer ses données pour la citation avec zotero

Mardi 27 avril : Protection des données personnelles et RGPD : quelles obligations pour le chercheur ?

N’hésitez pas à consulter notre catalogue pour connaître les formations prévues sur les mois qui viennent : https://sygefor.reseau-urfist.fr/#/program/bordeaux#item-6929

A très bientôt dans nos formations.

L’équipe de l’Urfist de Bordeaux

Focus sur Isabelle Scarpat-Bouvet, gestionnaire administratif, financier et pédagogique de l’URFIST de Bordeaux

L’équipe de l’Urfist de Bordeaux s’est prêtée au jeu de l’interview pour son blog. Nous vous présentons aujourd’hui Isabelle Scarpat-Bouvet, gestionnaire administratif, financier et pédagogique de l’URFIST de Bordeaux.

logo de l'Urfist Bordeaux

Bonjour Isabelle,

Depuis quand vous êtes l’assistante administrative de l’Urfist de Bordeaux ?

J’ai pris mes fonctions en décembre 2016 à l’Urfist.

Quelles sont vos missions au sein de l’Urfist de Bordeaux ?

Je travaille en étroite collaboration avec les deux co-responsables de l’Urfist et sous la direction de la dirdoc (direction de la documentation de l’université de Bordeaux).  Mes activités sont très variées tant s’agissant de la nature de mes missions que du public avec lequel je suis amenée à communiquer (formateurs, stagiaires, fournisseurs, partenaires, membres du réseau des Urfist…). Au quotidien, je gère la dotation que nous alloue le MESRI, j’effectue les actions nécessaires à ses dépenses et ses recettes. Je prépare les déplacements des co-responsables et des formateurs. Je collabore avec différents services, établissements et fournisseurs pour certains types de rémunérations, pour l’organisation de manifestation ou bien encore pour l’aide à  l’édition d’ouvrages. J’aide également à la mise en place des formations et des journées d’étude organisées par l’Urfist : envoi des convocations, gestion des inscriptions (validation, mise en attente, désitements…), préparation des affiches (relatives au programme de formation ou aux journées d’étude). Afin de remplir au mieux mes missions, je me tiens régulièrement informée et participe à des formations relatives aux règles et procédures de la fonction publique qui sont en perpétuelle évolution.

Les formations étant à distance en ce moment, est-ce que les rencontres avec les intervenants et les stagiaires ne vous manquent pas ?

Comme beaucoup, face à la crise sanitaire, nous avons dû en effet revoir notre façon de travailler. Pour assurer la sécurité des formateurs et des stagiaires nous avons notamment dû basculer l’ensemble de nos formations en distanciel. Par voie de conséquences les contacts physiques avec nos intervenants habituels et nos stagiaires ont diminué. Mais nous avons, heureusement, conservé les liens!  Nos formateurs viennent de toute la France et pour certains de l’étranger. Nous avions donc, avant les mesures sanitaires, l’habitude d’échanger par mail et par téléphone. Nous continuons d’échanger régulièrement. Les stagiaires ont eux aussi la possibilité de nous contacter directement par mail à l’adresse suivante : urfist[]u-bordeaux.fr. Je prends soin de répondre le plus rapidement à leurs questions sur le programme ou les modalités des différentes formations par exemple.

Vous vous occupez d’organiser le comité d’orientation de l’Urfist, pourriez-vous nous rappeler ce qu’est ce conseil et nous dire quels sont les partenaires de l’Urfist de Bordeaux ?

Le conseil d’orientation a lieu une fois par an, il a pour objectif de rendre compte des actions de formation qui ont été menées au cours de l’année précédente et du contexte (nouveaux locaux, changement d’équipe, etc.) dans lesquelles elles se sont tenues, mais aussi de présenter la stratégie de l’Urfist pour l’année à venir et d’en discuter avec les différents partenaires pour qu’elle soit la plus adaptée aux besoins en matière de contenu, de modalités de formation, de public cibles, etc.

Le réseau des partenaires de l’Urfist de Bordeaux est construit en 3 cercles concentriques.

  • Le cercle des tutelles : le MESR, qui finance les formations et les projets de l’Urfist et l’Université de Bordeaux, qui est l’établissement d’accueil et de gestion administrative de l’Urfist et qui en finance les postes et les bureaux.
  • Le cercle des universités couvertes et servies par l’Urfist de Bordeaux : Université Bordeaux Montaigne, Université de Bordeaux, Université Pau et Pays de l’Adour, Université de La Rochelle, Université de Poitiers et enfin Université de Limoges.
  • Le cercle des partenaires de réseau, de formation ou de projet : l’Inria, le CNRS, les deux Centres Régionaux de Formation aux Carrières des Bibliothèques de Nouvelle Aquitaine, que sont Média Centre Ouest et Médiaquitaine, ou encore sur une échelle plus nationale l’Association du Réseau des Urfist, l’Enssib ou le GIS Urfist.

Merci Isabelle pour cette interview et à bientôt pour les formations.

L’équipe Urfist

Focus sur Hélène Skrzypniak, co-responsable de l’Urfist de Bordeaux

L’équipe de l’Urfist de Bordeaux s’est prêtée au jeu de l’interview pour son blog. Nous vous présentons aujourd’hui Hélène Skrzypniak, co-responsable de l’Urfist de Bordeaux.

logo de l'Urfist Bordeaux

Bonjour Hélène,

Depuis quand vous êtes co-responsable de l’Urfist de Bordeaux ?

J’occupe ce poste depuis le 1er janvier 2017

Vous êtes maître de conférence en droit, ce qui est une spécificité de l’Urfist de Bordeaux. Quelle place a le droit dans la formation IST (Information Scientifique et Technique) des doctorants et des chercheurs ?

Les doctorants et chercheurs ont très peu l’occasion, au cours de leur parcours, d’être formés aux questions juridiques. Pourtant le droit est présent à chaque étape de leurs recherches : recueils de données, exploitation – voire reproduction –  de travaux d’autres chercheurs (articles scientifiques, graphiques, images, etc.), publication et valorisation de leurs travaux. Pour chaque étape, le chercheur est confronté à des questions juridiques : puis-je reproduire un graphique ? A quelles conditions ? Quelles sont les conséquences de la conclusion d’un contrat d’édition ? Puis-je librement mettre mes travaux en open access ? A quelles conditions ? Pour quelles conséquences ? 

Est-ce que vous proposez des formations sur ces thèmes ce semestre ?

Nous proposons plusieurs formations juridiques pour ce semestre. Elles sont, pour l’heure, programmées en présentiel mais pourront basculer en distanciel en considération d’éventuelles nouvelles mesures liées à la crise sanitaire. Il reste encore des places pour chacune d’elles et il est donc toujours possible de s’y inscrire :

  • 23/02/21 : La pratique du droit d’auteur pour le chercheur
  • 09/03/21 : Conclure un contrat d’édition : conditions et conséquences pour le chercheur
  • 26/03/21 : Publier en open access : quelles conséquences juridiques pour le chercheur
  • 06/04/21 : L’utilisation d’images (photos, œuvres d’art, plans, graphiques…) dans les travaux de recherche : les droits et les obligations du chercheur
  • 27/04/21 : Protection des données personnelles et RGPD : quelles obligations pour le chercheur?

Pour consulter notre programme : https://sygefor.reseau-urfist.fr/#/program/bordeaux

Vos recherches sont centrées sur le droit de la propriété intellectuelle et le droit des contrats, quels sont les enjeux les plus importants dans ce domaine pour vous aujourd’hui ?  

Le développement du numérique et – récemment – le mouvement en faveur de l’open access constituent les derniers défis que doit relever le droit de la propriété littéraire et artistique. Ils impliquent de nouvelles pratiques, de nouvelles règles qu’il est important de pouvoir appréhender.

Merci Hélène pour cette interview et rdv aux prochaines formations !

L’équipe Urfist de Bordeaux


[Formations] le programme de mars !

L’Urfist de Bordeaux vous propose plusieurs formations pour le mois de mars.

Déjà Mars ?

Mardi 9 mars : Conclure un contrat d’édition : conditions et conséquences pour le chercheur ?

Mardi 16 mars : L’utilisation d’images (photos, oeuvres d’art, plans, graphiques…) dans les travaux de recherche : droits et obligations [formation à distance interURFIST]

Mercredi 17 mars : Gérer facilement sa bibliographie avec Zotero

Vendredi 26 mars : Publier en open access : quelles conséquences juridiques pour le chercheur?

Notez que le Réseau des Urfist propose une formation le lundi 15 mars : Zotero Initiation

N’hésitez pas à consulter notre catalogue pour connaître les formations prévues sur les mois qui viennent : https://sygefor.reseau-urfist.fr/#/program/bordeaux#item-6929

A très bientôt dans nos formations.

L’équipe de l’Urfist de Bordeaux

Produire des documents numériques, des données de recherche : supports de présentation

La diffusion des supports de présentation sur le site de l’Urfist est soumise aux autorisations accordées par les intervenants. Tous les supports ne sont donc pas disponibles.

Des manuels en ligne sur les logiciels libres sont aussi disponibles via la plateforme Floss manuals. Les bibliothèques proposent également des ouvrages sur la bureautique et les outils numériques. Le catalogue national des bibliothèques universitaires vous permet de savoir quelle bibliothèque dispose de la référence souhaitée.

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Repenser la robustesse et la fiabilité en recherche : les chercheurs face à la crise de la reproductibilité

Argumentaire

Les chercheurs sont confrontés au fait de ne pouvoir obtenir les mêmes résultats soit en reprenant les mêmes méthodes et/ou les mêmes données soit en s’appuyant sur de nouveaux jeux de données et/ou d’autres méthodes poursuivant le même objectif de recherche. Le problème de la fidélité et de la réitération des résultats se pose à l’échelle collective (i.e. unité de recherche, spécialistes d’une même discipline) comme individuelle (i.e. : reproductibilité spatio-temporelle (Desquilbet 2018).

Le sujet de la reproductibilité est ancien (Barba 2018) et d’aucuns considèrent qu’il vaut mieux évoquer un changement de paradigme de la recherche plutôt qu’une crise (Fanelli 2018). Il serait tentant de s’en référer à la conception poppérienne de la science selon laquelle l’erreur et sa réfutation résident au cœur même du processus scientifique. Mais le phénomène prend une ampleur telle que les notions mêmes de résultat et de fiabilité sont remises en cause. Si les réplications ne sont pas possibles, quelle est la valeur des travaux précédents s’ils s’avèrent non reproductibles (Zwaan et al. 2017) ?

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Publier : supports de présentation

La diffusion des supports de présentation sur le site de l’Urfist est soumise aux autorisations accordées par les intervenants. Tous les supports ne sont pas disponibles.

Supports de formation

Page mise à jour en mars 2021

Pourquoi tous les supports de cours ne sont-ils pas disponibles sur le site web de l’Urfist?

Les supports sont diffusés sur le site web de l’Urfist sous réserve des autorisations accordées par leur auteur.

Où consulter les supports des formations suivies ?

Lorsque le formateur fournit un support numérique, le document est consultable après la formation via le compte personnel. Pour chaque formation, un espace de consultation des documents est votre disposition ; vous pourrez y consulter les supports mais aussi des liens. Le compte personnel est accessible sur authentification et seules les personnes ayant effectivement assisté à la formation peuvent consulter les documents.

Publié dans FAQ

Mon compte personnel

Page mise à jour en mars 2021

Dois-je me créer un compte utilisateur à chaque fois que je m’inscris à un stage?

Non, votre compte utilisateur est valable pour toutes les autres inscriptions auprès de toutes les Urfist. Si vous rencontrez des problèmes d’utilisation de la plateforme d’inscription, contactez-nous. La rubrique d’aide est disponible ici.

(Si vous avez déjà suivi des formations par le passé, pensez à vérifier que vous n’ avez pas déjà un autre compte sous un autre nom et/ou avec un statut différent, si tel est le cas, vous ne pourrez récupérer votre attestation de présence et devrez nous contacter).

J’ai perdu mon mot de passe pour m’inscrire en ligne, comment faire?

Vous pouvez le réinitialiser vous-même en cliquant sur « J’ai oublié mon mot de passe ».

Mes identifiants sont-ils ceux de l’université, ou du CNRS par exemple?

Oui, en choisissant l’option « Se connecter avec un compte universitaire », vous verrez la liste des établissements avec lesquels la connexion à la plateforme d’inscription de l’Urfist peut être effectuée.

Vous n’avez pas d’identifiants universitaire et il s’agit d’une première inscription? Cliquez sur « Je n’ai pas encore de compte ».

Se connecter à la page d’authentification.

Publié dans FAQ

Fourniture de justificatifs, présence aux stages

Page mise à jour en mars 2021

Puis-je obtenir une attestation de présence? 

Oui, chaque participant reçoit par mail un message indiquant la mise à disposition de son attestation de présence. Le document mentionne entre autres : l’intitulé du stage, la date et le volume d’heures de formation reçu. Le document est à télécharger depuis son espace personnel de la plateforme d’inscription de l’Urfist. L’Urfist n’envoie pas les attestations aux écoles doctorales.

Puis-je suivre seulement une partie de la formation?

Non, il est très fortement déconseillé de n’assister que partiellement à un stage.

D’une part car la formation ne sera pas pleinement profitable au demandeur si elle est suivie partiellement.

D’autre part car cela pénalise les personnes sur liste d’attente qui pourraient bénéficier de la formation dans son intégralité.

Avant de vous inscrire, lorsque la formation dure plus de 3 heures notamment, merci de vous assurer que vous êtes disponible pour toute la durée de la formation.

J’ai besoin de fournir des attestations de présence pour des stages passés mais j’ai perdu les documents. Que faire?

Vos attestations sont disponibles dans votre compte personnel. Vous pouvez les télécharger. En cas de problème : urfist@u-bordeaux.fr

Publié dans FAQ

To cheat or not to cheat : The dark side of data science

Objectifs

  • This meeting is not a lecture course, but an exchange session dedicated to unorthodox practices in the field of research and more particularly, in the field of data science, but not only.
  • If there is a (very) dark side of research practices, there are also subtle margins within it could be helpful to move forward. And this time, it’s not about tricking. It’s about being more understandable. When cheating is not cheating.

Talks are delivered in English.

Vidéos des interventions

Programme

The event is organized in partnership with the doctoral school “Mathematics and Computing”.

Talks are delivered in English. Contact : Sabrina Granger

This meeting is not a lecture course, but an exchange session dedicated to unorthodox practices in the field of research and more particularly, in the field of data science, but not only.

If there is a (very) dark side of research practices, there are also subtle margins within it could be helpful to move forward. And this time, it’s not about tricking. It’s about being more understandable. When cheating is not cheating.

The point of this workshop is to help you to know where you stand, to give you a compass in a tortured landscape.

Will you meet the challenge of orthodoxe research practices?

To start the fight, first, you should know your enemy : p-hacking, low statistical power, failure to control bias, poor quality control, falsified data, writing your own peer-review, but also working with predatory publishers, keeping your code veiled

Do you see patterns in random data (aka apophenia ; Munafò et al., 2017)? Do you have « the tendency to focus on evidence that is in line with our expectations or favoured explanation » (aka confirmation bias ; Munafò et al., 2017)? Or maybe have you heard of « the tendency to see an event as having been predictable only after it has occurred » (aka hindsight bias ; Munafò et al., 2017)?

But you also should be aware of the wide and sometimes surprising range of possibilities to produce more understandable results and thus, a better research. Get the grip, it’s up to you!

Nicolas Rougier : “Ten Simple Rules for Scientific Fraud & Misconduct”

Abstract : « We obviously do not encourage scientific fraud nor misconduct. The goal of this talk is to alert the audience to problems that have arisen in part due to the Publish or Perish imperative, which has driven a number of researchers to cross the Rubicon without the full appreciation of the consequences. Choosing fraud will hurt science, end careers, and could have impacts on life outside of the lab. If you’re tempted (even slightly) to beautify your results, keep in mind that the benefits are probably not worth the risks », (N. Rougier, J. Timmer 2017)

Nicolas Rougier est chercheur Inria en neurosciences computationelles travaillant à l’institut des maladies neurodégénératives à Bordeaux. Il a co-fondé le journal ReScience qui est spécialisé dans la publication de réplication en sciences computationelles.

Christophe Bontemps : « How To Lie With Graphics? »

Abstract : « According to Mark Twain « There are three kinds of lies: lies, damned lies, and statistics’’.  Today, with the emergence of so-called Data Science and self-proclaimed data scientists, we observe that graphical lies are everywhere.  They are even more powerful than spurious statistics. Many graphics in blogs, newspapers, and TV convey information that is misleading, by mistake or on purpose.  I propose a short tutorial to visual fallacies and lies. My goal here is not to encourage cheating and lying, but on the contrary to highlight the techniques used to elaborate misleading data visualizations.  This introduction should help researchers, citizens, (data) journalists and decision makers to distinguish visual lies from consistent graphics.  » Chr. Bontemps

Christophe Bontemps est ingénieur de recherche à l’INRA au sein de la Toulouse School of Economics. Economètre-Statisticien de formation, il enseigne la visualisation des données depuis plusieurs années et est co-organisateur du Meetup Toulouse Dataviz.

Sources

Munafò, Marcus R., Brian A. Nosek, Dorothy V. M. Bishop, Katherine S. Button, Christopher D. Chambers, Nathalie Percie du Sert, Uri Simonsohn, Eric-Jan Wagenmakers, Jennifer J. Ware, and John P. A. Ioannidis. 2017. ‘A Manifesto for Reproducible Science’. Nature Human Behaviour 1 (1): 0021. https://doi.org/10.1038/s41562-016-0021.

Rougier, Nicolas P., and John Timmer. 2017. “Ten Simple Rules for Scientific Fraud & Misconduct”. https://hal.inria.fr/hal-01562601.

Journées d’étude

La diffusion des supports de présentation sur le site de l’Urfist est soumise aux autorisations accordées par les intervenants.

PROGRAMME 2019

PROGRAMME 2018

PROGRAMME 2017

PROGRAMME 2016

PROGRAMME 2015

PROGRAMME 2014

PROGRAMME 2013

  • 03/12 : Tablettes et smartphones
  • 09/04 : Les aspects juridiques de la mise en ligne des documents numériques
  • 20/06 : La curation de données
  • 29/10 : L’écriture à l’heure d’Internet

PROGRAMME 2012

  • 07/02 : Valorisation des ressources pédagogiques numériques
  • 03/04 : Évolution des formats de catalogage : RDA, FRBR
  • 14/06 : Bibliothèques et Chercheurs en Sciences Humaines et Sociales
  • 04/12 : Les licences nationales

PROGRAMME 2011

  • 08/02 : Métadonnées et mutualisation des ressources : archives ouvertes, OAI-PMH, portails
  • 05/04 : Évolution des moteurs de recherche sur Internet : moteurs graphiques, visuels, navigation à facettes, recherche sémantique, etc.
  • 16/05 : Économie de l’attention : usages numériques et appropriation des connaissances
  • 06/12 : Nouveaux modes de diffusion de la recherche : publication, échanges d’information et réseaux

PROGRAMME 2010

  • 09/02 : Les Archives ouvertes
  • 10/06 : L’édition électronique, quels modèles économiques ?
  • 09/11 : Catalogues de bibliothèques : quel avenir ?
  • 07/12 : Droits d’auteurs et documents numériques

PROGRAMME 2009

  • 10/02 : Droit d’auteur et documents électroniques
  • 07/04 : ORI-OAI pour le référencement et l’ indexation des ressources numériques
  • 04/06 : Les logiciels libres en bibliothèque : où en sommes-nous ?
  • 06/10 : La numérisation
  • 08/12 : Bibliothèques numériques, XML et métadonnées
  • 05/05 : Journée coorganisée avec l’ADBS et l’ARPIST : Chercheurs et droits d’auteurs ou comment diffuser juridiquement et techniquement ses productions scientifiques

Formateurs

Page mise à jour en mars 2021

Je souhaiterais intervenir pour l’Urfist, comment faire?

Vous pouvez nous transmettre un CV récent ainsi qu’une lettre de motivation.

Qui sont les formateurs de l’Urfist?

L’Urfist fait appel à des enseignants-chercheurs et chercheurs, des personnels d’appui à la recherche, des professionnels de la documentation et des technologies de l’information et de la communication, des formateurs indépendants.

Publié dans FAQ

Citer des références juridiques : guide et style Zotero de l’école doctorale Droit (Université de Bordeaux)

Consulter et emprunter le guide

Version imprimée et empruntable

Version numérique, téléchargeable

Télécharger le style automatisé (Zotero)

Démarrer avec le style

Le style bibliographique permet d’appliquer automatiquement les consignes du guide en utilisant les outils de rédaction bibliographique intégrés au logiciel, que ce soit pour :

  • créer des bibliographies indépendantes
  • gérer les citations dans un document (génération automatique des notes de bas de page et de la bibliographie en fin de document)

Utiliser le style

« Lire la notice d’utilisation? »

Lire une notice d’utilisation n’est généralement pas l’étape préférée quand on prend en main un outil, mais cette étape vous permettra de gagner du temps en adoptant d’emblée les bons réflexes, et en respectant quelques spécificités de saisie dans votre bibliothèque Zotero.
La section « Lisez-moi » comporte des indications pour le paramétrage et l’usage de Zotero, ainsi que des notes d’application générales communes à tous les types de document, à partir notamment des “Recommandations particulières” du guide.

Comment ajouter du texte dans vos notes de bas de page? Comment la génération automatique des mentions latines de renvoi est-elle paramétrée? Comment saisir dans votre bibliothèque Zotero les compléments de titre pour qu’ils soient affichés seulement en bibliographie et non en note de bas de page? C’est dans cette section que vous trouverez la réponse à ces questions.

La section “Modèles de citation des différents types de documents” comporte les indications détaillées pour chaque type de document cité. Elle intègre de plus des notes d’application dans Zotero et pour chaque exemple le lien vers le document correspondant dans la bibliothèque de groupe.
Comment saisir dans votre bibliothèque Zotero les contributeurs tels que les directeurs de thèse, les éditeurs scientifiques, etc.? Comment saisir dans votre bibliothèque Zotero des normes juridiques, des articles de presse ou de magazine? C’est dans cette section que vous trouverez la réponse à ces questions.

Aller + loin avec le style

Besoin d’aide?

Consulter la documentation en ligne

Contacter l’Urfist : urfist@u-bordeaux.fr

Candidater pour le prix « Open thèse », d’Open Law

« Les thèses sont évaluées prioritairement sur leur qualité scientifique, mais également sur leur référencement dans une archive ouverte, ainsi que sur la qualité de leur référencement interne, qui doit être effectué, autant que faire se peut, dans le respect des usages et normes reconnus par les milieux juridiques en matière de citation (Exemples : guide REFLEX, URFIST Bordeaux). » source : portail UnivDroit

FAQ du guide et du style

D’où sont issues les préconisations du guide? Comment le guide a-t-il été conçu?

Les préconisations du guide sont issues d’une collaboration entre l’École doctorale de Droit de l’Université de Bordeaux et l’Urfist. Les auteurs du guide sont des : enseignants-chercheurs, des doctorants, des professionnels de l’information spécialisés dans le domaine du droit.

Vous souhaitez adapter cette démarche pour votre établissement? Consultez : Flamerie de Lachapelle, Frédérique. 2019. « Créer un style pour Zotero correspondant à une norme bibliographique juridique : retour d’expérience bordelais. Billet invité ». Billet. UrfistInfo (blog). 2 juillet 2019. https://urfistinfo.hypotheses.org/3305.

Je suis doctorant.e en droit à l’Université de Bordeaux. Suis-je obligé.e d’appliquer les consignes du guide?

Non. Il s’agit de préconisations, sans caractère obligatoire. S’appuyer sur ces recommandations permet de gagner du temps et de produire une bibliographie homogène et cohérente, plus lisible pour les lecteurs de votre thèse.

Les sites que j’utilise sont peu souvent compatibles avec Zotero. En général, j’ai un gros travail de reprise de données à prévoir. Est-ce la peine d’utiliser Zotero?

Absolument. Certes, le style conçu par l’ED Droit de l’Université de Bordeaux et l’Urfist ne résout pas le problème de la compatibilité entre Zotero et les sites web juridiques notamment. Il s’agit d’une autre question.

Une fois effectué le travail d’adaptation des données bibliographiques importées, vous n’avez pas à y revenir. La référence biblio est prête à l’emploi et réutilisable ad lib.

Utiliser Zotero permet de constituer une base de données personnelle de références bibliographiques interrogeable et facile à gérer sur le long terme. Les outils d’interrogation et d’organisation de Zotero sont puissants et simples à utiliser.

A la différence de l’outil de citation de Word par exemple, Zotero centralise en 1 seul endroit toutes vos références : 1 même référence peut être citée dans plusieurs fichiers sans que vous ayez à la créer de A à Z. Dans l’outil de Word, peu importe si vous avez déjà cité la référence : vous allez devoir la créer si vous ouvrez un nouveau fichier.

Si certains sites d’éditeurs juridiques n’offrent pas un niveau de compatibilité optimal, les données issues des catalogues de bibliothèques s’importent très facilement, sans scories ou lacunes majeures. Ainsi, toutes les références de monographies, de thèses, etc. issues de ces catalogues (ex. catalogue national des BU) s’importent aisément.

Dois-je obligatoirement utiliser la version automatisée des préconisations du guide?

Non, il n’y a aucune obligation. Il est tout à fait possible de traiter ses références manuellement. En effet, si vous avez déjà rédigé la majeure partie de votre manuscrit, il n’est pas forcément opportun de recourir au style automatisé car la reprise des références serait trop fastidieuse.

Si en revanche, vous entamez la rédaction, il est fortement conseillé de recourir au style automatisé. Il vous permettra de gérer plus facilement des volumes importants de sources, de les citer de manière cohérente automatiquement, de créer votre bibliographie finale en un clic, etc.

Je souhaiterais modifier le style. Est-ce possible?

Oui. Le format CSL est un format ouvert. Il est possible de créer, de personnaliser un style.

Je suis intéressé.e par le style mais par où commencer? j’ai toujours traité mes références manuellement.

Une initiation à Zotero vous permettra de comprendre les finalités de l’outil et ses fonctionnalités principales. L’Urfist de Bordeaux propose régulièrement des formations. Il existe aussi une documentation abondante. Quelle que soit l’option que vous retenez, nous vous invitons fortement à vous former à Zotero pour installer et utiliser facilement le style de l’ED droit de l’Université de Bordeaux. Pas convaincu.e? Comprendre ce que Zotero peut vous apporter.

Inscriptions

Page mise à jour en mars 2021

Le stage qui m’intéresse est complet, il n’est plus possible de s’inscrire. Que faire?

Contactez l’Urfist pour être mis sur liste d’attente. En cas de désistements et en fonction de votre rang dans la liste d’attente, l’Urfist vous contactera pour vous proposer une place. La liste d’attente permet également à l’Urfist de contacter en priorité les personnes recensées lorsqu’un stage similaire est programmé de nouveau.

Il est également possible que le stage soit ré-ouvert en cas de nouvelle capacité ou de forts désistements, n’hésitez pas à nous contacter.

On me demande d’indiquer mon n° de téléphone dans mon compte personnel. Pourquoi est-ce important?

Il est préférable d’indiquer un numéro de téléphone pour pouvoir être joint.e par l’Urfist si une place s’est libérée suite à une annulation de dernière minute. Qui plus est, il se peut que dans le futur, on puisse vous alerter via ce biais pour vous donner toutes sortes d’informations importantes.

Je ne peux plus participer au stage auquel je m’étais inscrit. Comment me désister?

Les désistements s’effectuent depuis le compte personnel. A partir du 5ème désistement enregistré sur une année universitaire, l’Urfist se réserve le droit d’annuler les demandes d’inscriptions validées et/ou de refuser les autres demandes. En cas d’absence non justifiée, par un désistement ou un mail, cela pourra être dans un délais plus court que 5. Nous vous rappelons que d’autres personnes auraient pu bénéficier de votre place et vous remercions de prendre en compte cette information.

Je me suis inscrit(e) à une formation dont l’inscription n’est pas encore validée mais ne suis plus disponible. Comment annuler ma demande?

Vous pouvez annuler votre demande depuis le compte personnel. Vous n’avez pas d’autre démarche à effectuer. Si votre demande est acceptée, nous vous invitons à anticiper et à vous désister le plus rapidement possible, vous permettez ainsi à une personne sur liste d’attente de profiter de votre place. Plus ce désistement est fait en amont, meilleure sera la chance pour une autre personne de bénéficier de cette place.

Comment me tenir facilement informé des nouveaux stages et nouvelles sessions proposés?

Les annonces de stage sont diffusées par mail via les listes de diffusion des universités et des organismes de recherche.

Puis-je m’inscrire aux stages par mail?

Non, les demandes d’inscription doivent être effectuées en ligne. Les demandes adressées par mail ou téléphone ne sont pas prises en compte. En cas de problème pour accéder au compte personnel, contactez-nous.

J’ai fait une demande d’inscription en ligne, ma demande est-elle automatiquement acceptée?

Non. Dès validation définitive de votre demande, vous recevrez une notification automatique. Et à quelques semaines de la date du stage, vous recevrez un mail de convocation.

Les personnels de l’enseignement supérieur et des EPST doivent fournir une autorisation signée par leur supérieur hiérarchique.

Le stage auquel je souhaite assister n’est pas complet et je suis pourtant placé sur liste d’attente. Pourquoi?

2 cas de figure sont possibles : (1) soit l’effectif est complet et le demandeur est placé automatiquement sur la liste d’attente principale. Une fois que la liste d’attente principale est complète, dès lors, il n’est plus possible pour les demandeurs de procéder directement à leur inscription en ligne via la plateforme. Il faut dans ce cas envoyer une demande à l’Urfist qui placera le demandeur sur la liste d’attente complémentaire ; (2) soit le profil du demandeur ne correspond pas aux publics cibles du stage : en effet, certaines formations ciblent particulièrement les doctorants, les chercheurs ou les enseignants-chercheurs ; ou d’autres stages peuvent par exemple concerner en priorité les personnels des bibliothèques.

Afin de garantir la meilleure adéquation entre le contenu proposé et le profil des stagiaires, il est possible d’être mis sur liste d’attente par l’Urfist : la priorité est donnée aux participants correspondant au public cible.

La formation a lieu dans quelques jours, mais je n’ai pas reçu de mail de convocation, que faire?

Vérifiez l’adresse mail renseignée dans le compte utilisateur de la plateforme d’inscription. Si l’adresse mail est valide, contactez l’Urfist par mail dans les plus brefs délais.

Les formations de l’Urfist peuvent-elles être suivies dans le cadre du compte personnel de formation (dispositif ayant remplacé le Droit Individuel à la Formation – DIF)?

Oui, toutes les formations ne relevant pas de l’adaptation immédiate au poste peuvent être prises sur le quota d’heures du compte personnel de formation. Tout dépend de la nature du besoin de formation plus que du thème de la formation.

Publié dans FAQ

Demandes de stages

Page mise à jour en mars 2021

Puis-je faire des demandes de stages?

Oui, s’il s’agit d’une demande individuelle, vous pouvez tout à fait nous transmettre vos attentes.

Les questionnaires de satisfaction remplis par les stagiaires à chaque fin de formation permettent aussi de transmettre des demandes de stages.

Vous pouvez également faire une demande de stage sur mesure s’il s’agit d’une demande collective.

Matériel, accès à la salle

Page mise à jour en mars 2021

Est-il possible d’emprunter la salle de formation de l’Urfist?

La salle de formation peut être réservée par les services de l’université ou des EPST pour des actions de formations.

En raison des travaux en cours sur le campus de Pessac,  la salle ne sera plus accessible à la location jusqu’en 2022.

Pour faire une demande de réservation.

La salle doit être rendue dans l’état de propreté dans lequel elle a été trouvée.

La salle peut aussi être louée à des extérieurs à l’université. Coût de la journée : 300 euros TTC. Pour des informations complémentaires.

Publié dans FAQ

Un environnement numérique de recherche portable et stable : pour une recherche répétable et reproductible

Objectifs

La manifestation est organisée en partenariat avec la délégation Aquitaine du CNRS.

  • Sensibiliser les participants aux enjeux de reproductibilité et de répétabilité de la recherche
  • Améliorer la portabilité et sécuriser la réutilisation de ses outils numériques pour obtenir des résultats fidèles
  • Donner à voir des cas d’utilisation de containers et autres solutions logicielles en recherche, fournir des exemples de workflows dans une perspective utilisateur final et non pas administrateur réseaux

Cette initiation est ouverte à tous publics intéressés par les questions de : répétabilité, reproductibilité de la recherche, travail collaboratif, préservation des environnements numériques scientifiques.

Inscription en ligne obligatoire et gratuite pour toutes catégories de publics.

Programme

« Une seule mise à jour/montée de version effectuée et tout est dépeuplé »

(ancien proverbe informatique librement inspiré de Lamartine)

Vous n’obtenez plus les mêmes résultats alors que vous suivez le même protocole. Vos collègues parviennent encore moins à reproduire votre démarche alors qu’en apparence, leur environnement informatique est similaire au vôtre. Comment s’assurer d’être en mesure de réitérer des démonstrations X semaines, X mois, X années plus tard? Cette introduction aux containers (Docker et Singularity) et au gestionnaire de paquets GNU Guix se veut un panorama critique des solutions techniques, accessible à toute personne intéressée par la question de la portabilité et de la fiabilité de ses outils de recherche. Ces questions sont ici traitées sous l’angle des enjeux pour les chercheurs et chercheuses, et non pas sous l’angle de l’administration de réseaux. La formation prend la forme d’un court workshop.

Introduction, par François Pellegrini, professeur à l’Université de Bordeaux, chercheur Inria-Labri

« Fiabiliser son environnement de recherche : introduction aux containers Docker et Singularity« , Adalbert Arsen

Pourquoi déployer un container plutôt qu’une machine virtuelle? Quels sont les avantages et limites de ce type d’outils? Et surtout, à quels besoins de recherche les containers répondent-ils? Certaines revues intègrent désormais le déploiement de containers à leur workflow. Quelles étapes prévoir? Quelles compétences mobiliser? Quels sont les cas d’usages possibles dans un workflow de recherche?

« Portabilité de R : dockeriser une appli Shiny » : Vincent Guyader

« Lorsque l’on cherche à développer puis à déployer une application R (typiquement une application shiny), plusieurs aspects sont à prendre en compte (Note : Ce qui suit s’adapterait à n’importe quel « produit » basé sur R) : que va devenir cette application? Qui va être en charge de la déployer? À combien d’utilisateurs s’adresse-t-elle? Doit-elle être installée en local sur les postes des utilisateurs, ou accessible en ligne? Sera elle publique ou privée? Les réponses à ces questions vont orienter directement des choix techniques, qu’il faudra parfois mettre en place très tôt dans la phase de développement de l’appli. En effet, il y a un gap énorme entre avoir un app.R qui tourne bien en local sur son poste, et avoir une application shiny en production accessible au plus grand nombre. », V. Guyader (cf. 6èmes Rencontres R, Anglet, 2017)

« Au-delà des conteneurs. Environnements logiciels reproductibles avec GNU Guix » : Ludovic Courtès

« Docker et Singularity peuvent reproduire un environnement logiciel à l’identique mais permettent difficilement d’aller au-delà d’expérimenter. Peut on concilier reproductibilité et expérimentation pour les environnements logiciels? GNU Guix est comparable à apt-get, yum ou CONDA, mais il fournit des binaires reproductibles bit à bit avec un suivi de leur provenance. Il peut aider à la gestion d’environnements à la « module » ou VirtualEnv, ou encore provisionner des conteneurs. J’évoquerai notre expérience avec Guix en calcul intensif (HPC) », L. Courtès

En savoir + sur GNU Guix

Intervenants

Docteur en hydrologie spatiale, Adalbert Arsen a exercé des activités de recherche au seln du laboratoire LEGOS (UMR 5566) à Toulouse. Il se consacre désormais à la formation au traitement des données de recherche (programmation, analyse et traitement des données, notamment données géographiques) et possède également une expertise dans le domaine de la communication scientifique (poster scientifique, rédaction d’article, vulgarisation scientifique).

Ingénieur de recherche au centre Inria Bordeaux Sud-Ouest (Service d’Expérimentation et de Développement), Ludovic Courtès s’est spécialisé dans le calcul intensif.  Il est initiateur et co-mainteneur du projet GNU Guix et une des personnes à l’origine du projet Guix-HPC.  Il est aussi co-mainteneur de GNU Guile qui met en œuvre le langage de programmation fonctionnelle Scheme.

Data scientist, Vincent Guyader est gérant de la société ThinkR,  société spécialisée dans les applications et la formation au logiciel R. ThinkR accompagne les entreprises de tous secteurs (pharma, finance, agronomie…) dans leur problématiques de datascience nécessitant l’usage de R : création et déploiement d’application, migration SAS vers R, installation et maintenance de serveur de calcul, formation et coaching d’équipe.

Ressources

Communiquer : supports de présentation

La diffusion des supports de présentation sur le site de l’Urfist est soumise aux autorisations accordées par les intervenants. Tous les supports ne sont donc pas disponibles.

Le peer review à l’ère de l’open science : enjeux et évolutions

Argumentaire

Les formes traditionnelles du peer review font régulièrement l’objet de critiques de la part des chercheurs eux-mêmes : le processus est jugé lent, coûteux et opaque. L’abondante littérature sur le sujet souligne également d’autres écueils du peer review  (Souder 2011) : les biais en faveur d’auteurs issus de prestigieuses institutions ; un traitement inéquitable selon le niveau de maîtrise d’anglais des auteurs ; le risque de privilégier les résultats au détriment de la méthode, l’application de procédures inadaptées à l’évaluation de manuscrits à fort caractère interdisciplinaire ; et plus généralement, un tropisme pour ce que L. Souder nomme « scientific conservatism » (Souder 2011:55).

Par ailleurs, alors que le nombre d’articles augmente de manière exponentielle, les revues sont confrontées à la difficulté de trouver des rapporteurs. M. Kovanis et ses co-auteurs (Kovanis et al. 2016) alertent sur les atteintes à la qualité du processus engendrées par la sur-sollicitation d’un nombre restreint de rapporteurs. De plus, la pénurie de rapporteurs est aggravée par le fait que l’évaluation ne porte plus seulement sur des manuscrits mais s’étend désormais également à des jeux de données, du code informatique par exemple. Ainsi que le soulignent B. Lawrence et ses co-auteurs (Lawrence et al. 2011:11), le peer review de données sources nécessite de recourir non seulement aux compétences de spécialistes de la discipline, mais aussi de s’appuyer sur des experts techniques.

Autre paradoxe du peer review : alors que la publication d’articles dans des revues considérées comme prestigieuses reste déterminante dans l’attribution de financements et de promotions, l’activité de reviewing s’avère peu ou mal valorisée.

Selon J.P. Tennant et ses co-auteurs (Tennant et al. 2017), grâce aux possibilités offertes par l’édition numérique, nous assistons à une période d’expérimentation et d’innovation dans le domaine du peer review. Or si des outils répondent aux besoins de traçabilité et d’interopérabilité, il s’agit moins d’une évolution technique que culturelle.

Dans quelle mesure le paradigme de l’open science peut-il apporter des réponses à la crise du peer review ? Par ailleurs, de quoi l’open peer review est-il le nom ?

Quels sont les impacts sur le peer review de la logique de décloisonnement inhérente à l’open science?

De quelle manière les institutions de recherche peuvent-elles jouer un rôle plus actif dans un écosystème de la publication dominé par les éditeurs ? La publicisation des évaluations renforce-t-elle ou fragilise-t-elle les reviewers?

La journée d’étude n’est pas filmée.

Programme

8h45-9h : accueil des participants

9h-9h15 : allocution de bienvenue, Nicolas Roussel, directeur du Centre Inria Bordeaux-Sud-Ouest

« Peer Community in : un système de recommandation public et gratuit de preprints » ; Thomas Guillemaud (Inra)

9h15-10h

« Pour offrir une alternative au système actuel de publication – qui est notamment coûteux et peu transparent – nous avons initié le projet Peer Community in (PCI). PCI repose sur la publication d’évaluations critiques et de recommandations d’articles non encore publiés, mais déposés – et gratuitement accessibles – sous forme électronique dans des archives ouvertes disponibles sur internet. Ces évaluations et recommandations sont réalisées bénévolement par les chercheurs sans aucun lien avec des éditeurs privés.

Les frais de publication disparaissent : PCI offre la possibilité de valider, diffuser et consulter gratuitement les articles qui lui sont soumis. Les délais d’accès à l’information sont nuls : les articles scientifiques évalués sont déposés dans les archives ouvertes dès la fin de leur écriture. Le système devient transparent : les critiques, les décisions éditoriales, les réponses des auteurs et les recommandations sont publiées sur le site de la communauté scientifique concernée. » D. Bourguet, T. Guillemaud

10h-10h15 : échanges avec le public

10h15-10h35 : pause café

Valoriser le travail des reviewers : retours d’expérience autour du dépôt en accès libre des avis (Publons, etc.) ; chercheurs invités : Florence Débarre (Centre Interdisciplinaire de Recherche en Biologie, Collège de France) ; Fabien Lotte (équipe Potioc, Inria) ; Nicolas Rougier (équipe Mnemosyne, Inria) ; Olivier Sandre (Laboratoire de Chimie des Polymères Organiques, CNRS). Animateur de la table-ronde : Hervé Maisonneuve (médecin et consultant, rédacteur du blog « Rédaction médicale et scientifique »).

10h35-11h15

Publons a pour ambition de valoriser l’activité des reviewers, encore peu reconnue dans l’évaluation des chercheurs. Chaque rapporteur peut ainsi rendre publique son activité. La plateforme est interfacée avec Orcid pour que l’ensemble de l’activité de recherche soit documentée de manière centralisée. D’autres solutions seront également évoquées.

11h15-11h30 : échanges avec le public

« Le futur du peer review en sciences du vivant et de la santé » ; Hervé Maisonneuve (médecin et consultant, rédacteur du blog « Rédaction médicale et scientifique »)

11h30-12h

« Le peer review est accusé de tous les maux (lent, inefficace, biaisé), mais il n’y a pas mieux ! Le peer review ouvert semble satisfaire certaines communautés, mais il est refusé par d’autres. Valoriser le travail de relecture pourrait améliorer la qualité du peer review, mais cela doit être démontré. Des revues utilisent un modèle appelé ‘Registered Reports’ : les chercheurs soumettent l’introduction et les méthodes et le comité de rédaction donne une acceptation sous réserve. Le chercheur conduit ses expériences, et que les résultats soient positifs ou négatifs, ils seront publiés, après une relecture pour s’assurer de la cohérence de l’article avec les objectifs initiaux. Ce modèle a des variantes. A long terme, l’intelligence artificielle pourrait remplacer des relecteurs, et faire aussi bien voire mieux. » H. Maisonneuve

12h-12h15 : échanges avec le public

12h15-14h : buffet sur place offert

« Emergent Scientist : une initiation par la pratique à la publication scientifique » ; Arnaud Raoux (Ecole Normale Supérieure, Ulm)

14h-14h30

« La publication scientifique est très largement absente des formations universitaires, et les étudiants qui achèvent leurs études avant le doctorat n’ont presque aucune occasion de se familiariser avec la lecture, l’écriture ou l’évaluation d’articles de recherche. Pourtant, il est indispensable de connaitre le fonctionnement de la publication scientifique pour comprendre le fonctionnement des sciences sur lesquelles reposent nos sociétés.

Emergent Scientist (EmSci) est un journal open access créé par la Société Française de Physique et EDP Sciences pour répondre à ce besoin. Lancé en Septembre 2017, EmSci reprend la structure classique d’un journal à comité de lecture, en adaptant ses procédures et critères d’évaluation pour permettre à des étudiants de publier leurs travaux et de s’impliquer à toutes les étapes du journal, de la lecture à l’édition.

Dans cet exposé, je présenterai ce journal, depuis sa conception jusqu’à son lancement, en soulignant les préoccupations pédagogiques de ce projet. » D. Suchet, A. Raoux

14h30-14h45 : échanges avec le public

« Open peer review in DIGITAL.CSIC : analyzing potential roles of institutional repositories in the future of scholarly communication » ; Isabel Bernal (Unit of Information Resources for Research, Spanish National Research Council)

14h45-15h05

« DIGITAL.CSIC, the Open Access repository of the Spanish National Research Council, launched an Open Peer Review Module in April 2016. The module falls within the range of the repository’s activities to advance Open Science and has contributed to open a debate as to opportunities for institutional repositories in a new scholarly evaluation and communication system. The talk will give an overview of how the module has been used thus far and perceptions by scientific community about current peer review crisis. » I. Bernal  

15h05-15h15 : échanges avec le public

15h15-15h30 : pause

« Voir, cacher, se cacher, être vu… Politiques de l’anonymat dans le journal peer review » ; David Pontille (CNRS, CSI-I3) et Didier Torny (CNRS, CSI-I3)

15h30-16h

« Faut-il rendre les auteurs et les évaluateurs d’articles anonymes afin de garantir l’objectivité des jugements ? Faut-il au contraire lever toute forme d’anonymat au nom de la transparence du processus d’évaluation ? Ou bien encore, faut-il que les évaluateurs sachent l’origine des articles afin d’en apprécier la pertinence et la qualité ? Dans cette communication, nous questionnerons l’évaluation par les pairs dans les revues à partir d’une approche diachronique des pratiques en vigueur dans différentes disciplines. Nous verrons que les politiques d’anonymat n’arbitrent pas uniquement les relations de visibilité entre auteurs et évaluateurs, mais revendiquent des valeurs morales contrastées du jugement scientifique.  » D. Pontille et D. Torny

16h-16h15 : échanges avec le public

Synthèse et conclusion de la journée par Nicolas Rougier (Inria)

16h15-16h30

Sources

  • Kovanis, Michail, Raphaël Porcher, Philippe Ravaud, and Ludovic Trinquart.  2016     The Global Burden of Journal Peer Review in the Biomedical Literature: Strong Imbalance in the Collective Enterprise. Lutz Bornmann, ed. PLOS ONE 11(11): e0166387.
  • Lawrence, Bryan, Catherine Jones, Brian Matthews, Sam Pepler, and Sarah Callaghan.  2011     Citation and Peer Review of Data: Moving Towards Formal Data Publication. International Journal of Digital Curation 6(2): 4–37.
  • Souder, Lawrence.  2011     The Ethics of Scholarly Peer Review: A Review of the Literature. Learned Publishing 24(1): 55–72.
  • Tennant, Jonathan P., Jonathan M. Dugan, Daniel Graziotin, et al.  2017     A Multi-Disciplinary Perspective on Emergent and Future Innovations in Peer Review. F1000Research 6: 1151.

Informations pratiques

Gérer ses informations, ses données : supports de présentation, guides

La diffusion des supports de présentation sur le site de l’Urfist est soumise aux autorisations accordées par les intervenants. Tous les supports ne sont donc pas disponibles.

Du montage de projet de recherche à la publication : enjeux et pratiques autour des données primaires

Argumentaire

La gestion de ses données présente un enjeu majeur en termes de visibilité et de rayonnement de ses recherches. Il s’agit de pouvoir exploiter les données produites, les préserver mais aussi les réutiliser et faciliter de nouvelles recherches. Ainsi, bien documenter ses données est devenu une étape incontournable du montage de projet et ces données peuvent par la suite être valorisées par leurs auteurs ou d’autres chercheurs via des data papers, le dépôt des données dans des entrepôts dédiés.

À l’heure de la remise en question des processus de validation des travaux, la gestion des données de recherche intervient aussi comme un outil de contrôle de qualité au service des chercheurs. Si la tâche peut sembler chronophage, elle constitue néanmoins un retour sur investissement considérable pour une équipe. Elle s’inscrit également dans une démarche de « science ouverte » qui contribue à renforcer la place de la science dans la société.

De quoi parle-t-on lorsqu’on parle de « données » ? Quels sont les enjeux de la gestion des données pour la recherche ? Quelles sont les conséquences de cette gestion pour les publiants? Quels sont les impacts sur les processus de l’édition scientifique (data papers, nécessité de rendre les données citables ; normes pour citer les données? Quels sont les enjeux transverses? (technique, juridique, éthique, etc.) ? Quelles sont les étapes et les bonnes pratiques à suivre pour le montage d’un projet, puis en cours de projet et à son issue ? Quels sont les enjeux juridiques liés ?

Programme

Consulter les vidéos de la journée

9h00-9h30 : Accueil participants

9h30-9h45Présentation du réseau Renatis par Ariane Rolland et Romain Vanel

9h45-10h15 :  « Les données primaires dans la recherche : introduction et enjeux », Frédérique Flamerie, conservateur des bibliothèques à l’Université de Bordeaux

Télécharger la bibliographie au format .bib pour un import facilité dans votre outil de gestion de références biblios

Qu’elles soient big, small, dark ou open, les data prennent une place centrale dans les processus de financement et de publication de la recherche, avec des impacts tant individuels que collectifs, tant techniques que scientifiques et éthiques.

Nous tenterons ainsi de caractériser cet objet divers et protéiforme qu’est la donnée de recherche, pour appréhender les multiples enjeux auxquels elle confronte la communauté scientifique au sens large. Enfin, nous dégagerons quelques perspectives à la fois concrètes et politiques à partir d’exemples français et internationaux.

10h15-10h30 Questions avec le public

10h30-11h : « Les données au cœur des projets de recherche », Christine Mahodaux, responsable du Service Partenariat et Valorisation de la délégation Aquitaine du CNRS

Quelles bonnes pratiques pour le montage de dossier? Quelles étapes? Situation France/international (projets ANR/H2020…) ». Gérer des données de recherche fait partie intégrante du projet de recherche. La gestion des données de recherche requiert une organisation, une planification, et un suivi rigoureux tout au long de la vie de projet et au-delà pour assurer la pérennité, l’accessibilité et la réutilisation de ces données.

Thèmes abordés : La prise en compte de la gestion des données dans le cadre du montage de projet ; La propriété et la protection des données ; Les bonnes pratiques ( cahier de laboratoire, conservation et archivage, diffusion etc..) ; Les préconisations en fonction des financeurs

11h-11h15 : Questions avec le public

11h15-11h35 : Pause

11h35-12h : « L’ouverture des données de la recherche : quelles conséquences juridiques pour le chercheur? », Hélène Skrzypniak, maître de conférences en droit privé à l’URFIST, membre de l’IRDAP

Ces dernières années, les textes destinés à promouvoir l’ouverture des données de la recherche se sont multipliés, tant au niveau international que national. Le mouvement est aujourd’hui désigné sous les termes d’open access. Il vise, notamment, à encourager la publication en libre accès des publications scientifiques.  La France n’a pas été épargnée par ce mouvement comme en atteste l’adoption récente de la loi pour une République numérique du 7 octobre 2016 dont plusieurs dispositions visent à favoriser l’ouverture des données de la recherche.

Ces différents textes créent ainsi des nouvelles obligations pour le chercheur  mais aussi de nouveaux droits. Dans ce contexte, nous proposons de revenir sur le cadre juridique de l’ouverture des données de la recherche : quelles sont les données concernées ? Quelles conditions doivent être respectées ? L’ouverture des données est-elle une obligation pour le chercheur ? Quelle protection pour le chercheur qui ouvre ses données ?

12h-14h : Buffet sur place

14h-14h30 : « Retour d’expérience : Mise en place de plans de gestion au centre de calcul de l’in2p3 et applications », Pascal Calvat, Informaticien à IN2P3

Le centre de calcul de l’in2p3 souhaite mettre en place un plan de gestion de données pour l’ensemble de ses 2500 utilisateurs sur une période de deux ans. Une fois collectées, les politiques des plans de gestion devraient être mises en œuvre au travers d’une application informatique en cours de prototypage.

14h30-15h « Retour d’expérience : Projet d’archivage à long terme pour les données 3D archéologiques », Sarah Tournon-Valiente, UMS Archéovision à Bordeaux

Les projets de recherche en SHS et plus particulièrement en archéologie n’hésitent plus à intégrer des données 3D. Que faire de ces données 3D de plus en plus volumineuses ? Comment les stocker , les pérenniser ?

Le laboratoire Archeovision avec sa cellule de transfert Archeotransfert, grand producteur de données 3D pour les SHS s’est rapidement préoccupé de ces questions, créant le premier conservatoire 3D en SHS. Aujourd’hui, le projet d’archivage mené par Archéovision au sein du consortium 3D d’Huma-Num vient compléter ce premier dispositif.

15h-15h15 : Pause

15h15-16h : Table ronde avec les intervenants de la journée, animée par Julien Baudry, conservateur de bibliothèque à l’Université Bordeaux Montaigne

Informations sur la salle de l’Urfist à destination des formateurs.rices

Les numéros d’urgence en cas de problème informatique sont indiqués sur le bureau du formateur. Il n’y a pas de téléphone dans la salle de formation, merci de prévoir votre portable.

La salle doit être verrouillée lors des pauses déjeuners et en fin de formation.

Les stagiaires ne sont autorisés ni à déjeuner dans la salle, ni à laisser leurs affaires en fin de journée lors d’un stage sur plusieurs jours, pour des raisons de sécurité et d’hygiène.

Matériel mis à disposition

  • 1 poste formateur
  • 16 postes stagiaires
  • Tous les postes se lancent sans mot de passe ; en cas de problème, redémarrer l’ordinateur
  • OS : Windows 7
  • Suite bureautique : Office 2010
  • Pour connaître la version du logiciel sur lequel vous allez intervenir, contacter l’Urfist
  • Wifi : accès au réseau local Réaumur et au réseau sécurisé Eduroam
  • Dossier partagé poste formateur et postes stagiaires : raccourci sur le bureau intitulé « Partage » : seul le formateur peut déposer et supprimer les documents dans cet espace ; les stagiaires ont un droit de lecture.
  • Les fichiers sont supprimés automatiquement tous les soirs. Seuls les documents déposés par le formateur dans l’espace partagé sont conservés.
  • 1 vidéoprojecteur
  • 1 paperboard, 1 tableau blanc
  • Le mobilier ne peut pas être déplacé
  • L’Urfist ne fournit pas d’adaptateur Mac

Vous utilisez R

Le package souhaité n’est pas installé? passez par RStudio pour importer le.s package.s souhaité.s. (En passant directement par la console R, vous ne disposez pas des droits nécessaires.)

Informations sur le navigateur Firefox

Les postes de la salle sont équipés de la version ESR de Firefox . Cette version est dédiée aux collectivités. Le rythme des MAJ de cette version est différent de celui pour les particuliers. Ainsi, la version ESR 31.8 correspond en réalité à la version 39 pour les utilisateurs particuliers.
Pour s’assurer de la compatibilité des plugins ou extensions auxquels vous aurez recours pendant la formation, nous vous demandons d’en fournir la liste complète au plus tard 1 mois avant la formation pour test sur les postes.

Données de recherche : pratiques de chercheurs. Retours d’expérience et ateliers

Argumentaire

Les organismes de recherche mettent un accent de plus en plus fort sur le partage des données scientifiques. Dès lors se pose la question des prérequis à identifier pour mettre à disposition des données exploitables. En effet, l’explosion des volumes de données produites dans le cadre d’activités scientifiques et l’hétérogénéité des formats impliqués contraignent les unités de recherche à faire profondément évoluer leurs pratiques de gestion en vue de préserver leur patrimoine sur le long terme et de garantir un accès à des données utilisables.
Mais la notion de « donnée de recherche » s’avère difficile à définir tant elle revêt des acceptions très différentes en fonction des disciplines. Dans certaines disciplines, de par les méthodes de collecte ou en raison de très forts enjeux économiques, le circuit des données est très restreint, alors que dans d’autres spécialités, les données peuvent être mises à disposition d’une communauté scientifique dès la soumission d’un article. Le Digital Curation Centre considère que toute donnée utile dans le cadre de la recherche est une donnée de recherche. Dans son rapport dédié aux enjeux éthiques du partage de données, le centre d’éthique du CNRS  précise que peuvent être considérées comme données de recherche : les données primaires ou données collectées (observations, mesures, etc.) ; les données secondaires ou version enrichie des données primaires car une dimension interprétative est ajoutée ; les métadonnées qui permettent quant à elles de gérer et de faciliter l’accès aux données primaires et secondaires.
Outre des évolutions en termes de pratiques de gestion, la problématique des données de recherche engendre une mutation des pratiques scientifiques : éditeurs et bailleurs de fonds accordent une place de plus en plus importante à l’accès aux données, à des fins de transparence notamment. Si l’ouverture des données de recherche ne constitue pas la seule réponse pour s’assurer de la rigueur d’une démarche scientifique, il n’en demeure pas moins que cette question tend à devenir centrale pour toutes les disciplines. La question de l’obsolescence des données est également incontournable. L’ouverture et le partage de données soulèvent également de nombreuses interrogations juridiques.

L’objectif de la journée est de mettre en lumière à la fois la diversité des pratiques et des problématiques inhérentes aux disciplines concernées ainsi que les enjeux transverses pour les chercheurs.

La journée est co-organisée par l’Université de Pau et des Pays de l’Adour et par l’Urfist de Bordeaux ; elle s’inscrit dans le cadre d’un cycle de manifestations co-organisées avec le Laboratoire d’informatique de l’UPPA (Liuppa).

Télécharger le programme, les infos sur l’accès à la salle

Programme

Consulter les vidéos de la journée

9h-9h15 : accueil des participants
9h15-9h30 : allocution d’ouverture, par Isabelle Baraille, VP Recherche UPPA
9h30- 9h45 : Enjeux des données de recherche : l’expérience du Liuppa (Laboratoire d’informatique de l’UPPA)
9h45-11h15 : Table ronde animée par Frédéric Tesson (Professeur des universités et Vice Président de la CFVU UPPA) et Gaëlle Chancerel (service commun de la documentation UPPA) : retours d’expérience d’unités de recherche et de services de l’UPPA
Iker, Item, Liuppa, Passages, UMS 3360 Centre d’imagerie, Direction du numérique – pôle « Applications Scientifiques »
11h15-11h30 : pause
11h30-12h00 : « L’ouverture des données de la recherche : quelle protection? quelles obligations pour le chercheur? », par Hélène Skrzypniak, enseignante-chercheuse en droit de la propriété intellectuelle (Irdap, université de Bordeaux)
12h-12h15 : échanges avec le public
12h15-14h : pause déjeuner libre pour les participants
14h-14h15 : présentation des ateliers
14h15-15h30 : ateliers en session parallèle ; les participants sont libres de changer d’ateliers en cours de session, mais la session ne reprend pas au début

Atelier 1 : Le plan de gestion des données, pour quoi faire? Jean-Philippe Talec

Le support de l’atelier est accessible uniquement aux personnes ayant participé à la journée d’étude depuis leur compte personnel Urfist

Atelier 2 : Publier et protéger ses données : aspects juridiques, Hélène Skrzypniak
L’objectif de cet atelier sera de revenir, à travers des exercices pratiques, sur les questions juridiques suivantes :
– Identification des données dont la publication est obligatoire/ interdite/ soumise à autorisation
– Conséquences de la publication des données pour le chercheur : peut-il s’opposer à la réutilisation de données publiées? Peut-il continuer à les exploiter? A quelles conditions?
– Intérêts et fonctionnement des licences libres
– Apport de la loi pour une République numérique (dite  » loi Lemaire »)
15h30-16h    plénière : restitution des ateliers
16h-16h15 : conclusion de la journée par Isabelle Baraille, VP Recherche UPPA