Produire des documents numériques, des données de recherche : supports de présentation

La diffusion des supports de présentation sur le site de l’Urfist est soumise aux autorisations accordées par les intervenants. Tous les supports ne sont donc pas disponibles.

Des manuels en ligne sur les logiciels libres sont aussi disponibles via la plateforme Floss manuals. Les bibliothèques proposent également des ouvrages sur la bureautique et les outils numériques. Le catalogue national des bibliothèques universitaires vous permet de savoir quelle bibliothèque dispose de la référence souhaitée.

Le book sprint challenge : 3 jours, 5 auteurs pour rédiger un manuel en français sur la reproductibilité de la recherche

Vers une recherche reproductible : Faire évoluer ses pratiques. Consulter l’ouvrage, le télécharger, le citer

Fichier en accès libre via l’archive ouverte HAL

C’est ici si vous préférez le format EPub.

Desquilbet, Loïc, Sabrina Granger, Boris Hejblum, Arnaud Legrand, Pascal Pernot, et Nicolas P. Rougier. Vers une recherche reproductible : Faire évoluer ses pratiques. Bordeaux : Urfist de Bordeaux, 2019.

Résumé

Pour un chercheur, il n’y a rien de plus frustrant que l’impossibilité de reproduire des résultats majeurs obtenus quelques mois auparavant. Les causes de ce type de déconvenues sont multiples et parfois pernicieuses. Ce phénomène participe à ce que certains identifient comme une “crise de la reproductibilité de la recherche”.
Cet ouvrage considère un ensemble de situations et de pratiques potentiellement dangereuses afin d’illustrer et de mettre en évidence les symptômes de la non-reproductibilité dans la recherche. À chaque fois, il propose un éventail de solutions allant de bonnes pratiques faciles et rapides à implémenter jusqu’à des outils plus techniques, tous gratuits et mis à l’épreuve par les auteurs eux-mêmes.
Dans ce livre rédigé lors d’un book sprint, étudiants, ingénieurs et chercheurs devraient trouver des moyens efficaces et à leur portée pour améliorer leurs pratiques de la recherche reproductible.  

Mots clés : recherche reproductible ; transparence de la recherche ; science ouverte ; crise de la réplication ; open source ; open data ; data sharing ; réutilisation des données ; standardisation ; book sprint

Publics cibles de l’ouvrage

Ce livre s’adresse à tout acteur de la recherche scientifique (chercheur.euse, personnel de soutien à la recherche) qui :

  • se pose des questions sur la recherche reproductible ou
  • souhaite améliorer ses pratiques.

Plusieurs rubriques illustrent les problématiques concrètes de la recherche reproductible. Chaque chapitre propose une gamme de solutions, allant de la plus facile à mettre en œuvre à la plus technique.

Envie de contribuer ?

Rendez-vous sur GitHub ou contactez l’Urfist par mail (urfist/at/u-bordeaux.fr), il est possible de proposer des contenus, de poser des questions aux auteurs, tant sur les contenus que sur la méthode. Vous souhaiteriez proposer une traduction de l’ouvrage? Contactez-nous.

Auteurs : Loïc Desquilbet, Boris Hejblum, Arnaud Legrand, Pascal Pernot, Nicolas Rougier

Loïc Desquilbet

Enseignant-chercheur en biostatistique et en épidémiologie clinique, Loïc Desquilbet est professeur à l’Ecole Nationale Vétérinaire d’Alfort. Chef du Département des Sciences Biologiques et Pharmaceutiques (Inserm U955, équipe 10 « Biologie du système neuromusculaire », groupe 4 « Myologie et biothérapies des myopathies canines »), il travaille dans le domaine de la recherche clinique vétérinaire, incluant la validation de méthodes de mesure (répétabilité, reproductibilité, et concordance de méthodes). L. Desquilbet travaille sur SAS et a conçu une macro SAS pour prendre en compte les variables quantitatives dans un modèle multivarié. Ses enseignements visent à former les étudiants à l’analyse critique d’articles.

Boris Hejblum

Enseignant-chercheur en biostatistique à l’Institut de Santé Publique d’Épidémiologie et de Développement (ISPED, Université de Bordeaux), Boris Hejblum est maître de conférences et membre de l’équipe SISTM dans le centre Inserm U1219 Bordeaux Population Health (BPH) et Inria Bordeaux Sud-Ouest.

Il travaille sur l’analyse de données biomédicales répétées de grande dimension, en particulier la statistique génomique dans le cadre de la recherche vaccinale ainsi que sur le traitement de dossiers médicaux informatisés par des approches de machine learning. Il développe de nouvelles méthodologies statistiques implémentées sous forme de paquets R open-source permettant leur réutilisation, et la reproductibilité des résultats de ses publications.

Arnaud Legrand

Chercheur au Laboratoire d’informatique de Grenoble, Arnaud Legrand pilote l’équipe Polaris (Inria). Il s’est spécialisé dans l’évaluation (simulation, observation, statistiques, analyse de traces) et l’optimisation de performance de grandes infrastructures de calcul (supercalculateurs, grille, calcul bénévole, clouds, …). L’axe optimisation de ses travaux porte sur la proposition ou l’évaluation de méthodes souvent sophistiquées et où il est important de conserver tous les détails pour comprendre leur performance et comment les améliorer. Arnaud Legrand co-pilote le Mooc “Recherche reproductible”.

Pascal Pernot

Physico-chimiste et directeur de recherches au CNRS, Pascal Pernot travaille au Laboratoire de Chimie Physique à l’Université Paris-Sud. Ses thématiques principales sont la gestion des incertitudes en modélisation physico-chimique, et notamment la quantification des incertitudes de prédiction des méthodes de chimie quantique et moléculaire. Il assure des formations en lien avec les méthodes standardisées de propagation des incertitudes. Il utilise l’environnement Rstudio/Github/Zenodo pour accompagner ses publications des données et codes nécessaires à la reproduction des résultats.

Nicolas Rougier

Chercheur à l’Inria, Nicolas P. Rougier est membre de l’équipe Mnemosyne project dont l’approche se situe à la frontière entre les neurosciences intégratives et computationnelles en association avec l’Institut des maladies neurodégénérativesle Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique, l’Université de Bordeaux et le CNRS. En 2015, il a co-fondé avec Konrad Hinsen, la revue ReScience spécialisée dans la publication d’études de réplication computationnelles. Il anime régulièrement des formations pour des doctorants, des chercheurs, des ingénieurs.

Quelques mots sur le projet. Qu’est-ce qu’un book sprint ?

(1 thème imparti + des chercheurs de disciplines variées, experts du sujet + 1 facilitateur) + 1 table des matières ex nihilo X 3 jours de travail intensif + de la motivation² = 1 book sprint

A l’origine, les book sprints ont été conçus pour documenter les logiciels libres : il s’agit d’une adaptation des code sprints des développeurs. L’accent est mis sur le travail collaboratif entre participants aux compétences diversifiées. Il s’agit d’une pratique d’écriture collaborative, pas seulement collective. Tout est écrit durant le sprint. La post-production en revanche peut nécessiter plusieurs semaines de travail une fois le sprint passé. Sur une durée de 3 à 5 jours, le travail est effectué sous la houlette d’un facilitateur, dont le rôle est d’organiser les échanges.

Pourquoi le thème de la reproductibilité de la recherche ? A quels besoins répond le livrable ?

L’objectif du book sprint de l’Urfist de Bordeaux est d’aboutir à un document à forte visée pratique conçu par des chercheurs pour des chercheurs. La littérature sur la reproductibilité de la recherche est abondante, voire pléthorique. Dans ce contexte, quelle peut être la plus-value du futur livrable ?

  • la richesse même de la littérature sur le sujet peut décourager
  • la veille sur le sujet est complexifiée par l’éclatement de la littérature dans des silos : disciplinaires (i.e. revues, littérature grise disciplinaire) comme techniques (i.e. : approche par langage informatique, par type d’outils)
  • il y a peu de littérature en français
  • il existe un risque de considérer ces problématiques comme déconnectées du cadre quotidien car trop difficiles à mettre en œuvre

Que peut apporter un book sprint à des chercheurs ?

Les enjeux et les objectifs d’un livrable issu d’un book sprint diffèrent de ceux des formats de publication classiques. Un book sprint permet de :

  • croiser des expertises dans un contexte moins formel qu’un colloque ou un séminaire
  • tester des idées avec des experts d’autres disciplines, collaborer avec des co-auteurs inattendus
  • expérimenter un mode de collaboration encore peu répandu dans le milieu universitaire français mais qui a fait ses preuves dans le milieu des logiciels libres
  • s’approprier une méthode de rédaction pour l’appliquer à d’autres projets : rédaction d’appels à projets, de supports pédagogiques, etc.
  • aboutir à une réalisation pour le bénéfice du plus grand nombre en peu de temps : le book sprint n’est pas conçu pour atteindre le même niveau de qualité qu’un article, mais permet de réaliser une première version d’un document pouvant évoluer par la suite

Facilitatrice

Formatrice à Activdesign et présidente de Floss Manuals Francophone, Elisa de Castro Guerra est spécialisée en création numérique et web. Elle travaille sur le développement d’applications web depuis plusieurs années. E. de Castro Guerra milite pour l’utilisation des logiciels libres, en particulier par la facilitation d’écriture de documentations en langue française. E. de Castro Guerra anime ainsi régulièrement des book sprints pour des associations, des entreprises.

Coordinatrice du projet, copy editor

Docteur en langue et littérature françaises, Sabrina Granger est conservatrice des bibliothèques à l’Unité Régionale de Formation à l’Information Scientifique et Technique de Bordeaux. Ses différents postes l’ont amenée à travailler dans les domaines de l’informatique documentaire, la communication en BU et les services aux chercheurs. S. Granger est co-pilote du collège « Compétences et formations » du Comité pour la Science Ouverte.

On en parle

Voir aussi :

Repenser la robustesse et la fiabilité en recherche : les chercheurs face à la crise de la reproductibilité

Argumentaire

Les chercheurs sont confrontés au fait de ne pouvoir obtenir les mêmes résultats soit en reprenant les mêmes méthodes et/ou les mêmes données soit en s’appuyant sur de nouveaux jeux de données et/ou d’autres méthodes poursuivant le même objectif de recherche. Le problème de la fidélité et de la réitération des résultats se pose à l’échelle collective (i.e. unité de recherche, spécialistes d’une même discipline) comme individuelle (i.e. : reproductibilité spatio-temporelle (Desquilbet 2018).

Le sujet de la reproductibilité est ancien (Barba 2018) et d’aucuns considèrent qu’il vaut mieux évoquer un changement de paradigme de la recherche plutôt qu’une crise (Fanelli 2018). Il serait tentant de s’en référer à la conception poppérienne de la science selon laquelle l’erreur et sa réfutation résident au cœur même du processus scientifique. Mais le phénomène prend une ampleur telle que les notions mêmes de résultat et de fiabilité sont remises en cause. Si les réplications ne sont pas possibles, quelle est la valeur des travaux précédents s’ils s’avèrent non reproductibles (Zwaan et al. 2017) ?

Les causes de cette crise ne relèvent pas forcément de manquements délibérés à l’intégrité scientifique (i.e. : p-hacking, HARK, selective reporting, etc.) : des méthodes statistiques mal employées, notamment en raison de la sophistication croissante des méthodes (Wilcox et Rousselet 2018) ; des jeux de données mal proportionnés ; des interprétations problématiques de la p-value (Lakens et al. 2017) et plus généralement, un problème de puissance statistique qui perdure depuis des décennies (Lilienfeld et Waldman 2014; Lakens et Albers 2017). La liste n’est pas exhaustive.

Au-delà des problèmes inhérents à la production des données et de leur analyse, les chercheurs doivent composer avec un système éditorial qui n’incite ni à publier les résultats négatifs ni les auto-rétractations. Les dead-ends sont souvent omises et les travaux présentant les résultats positifs bénéficient des faveurs des éditeurs des revues qualifiantes. Les pratiques éditoriales scientifiques sont jugées inadaptées pour faire face aux défis de la reproductibilité (Cornelius 2018; Yale Law School Roundtable on Data and Code Sharing 2010), y compris lorsque les éditeurs affichent une politique volontariste de partage des données (Frankenhuis et Nettle 2018; Stodden 2011). Enfin, le système d’évaluation actuel n’accorde pas une place majeure aux études de réplication.

Mais de nombreux projets voient le jour, y compris dans des domaines réputés imprenables eu égard à la nature des données observées (Milcu et al. 2018), de nouvelles formes éditoriales émergent et l’environnement même de production des connaissances scientifiques évolue.

Dans ce contexte, comment penser les notions de robustesse et de fiabilité dans des domaines disciplinaires variés ?

Quelle place accorder à l’incertitude ? Quel équilibre trouver entre standardisation et dynamique exploratoire ? Comment aborder la question de la reproductibilité notamment dans des disciplines avec des données rares ou non répétables ?

Partenaires de la manifestation

  • Inria (centre Bordeaux sud-Ouest)
  • Délégation Aquitaine du CNRS
  • Pôle ressources humaines et développement social, Université de Bordeaux

Avec l’aimable participation de Mario Peperoni et Sophie Pieraggi, qui nous ont fait l’amitié d’interpréter « Sonata II pour deux violons sans basse de Jean-Marie Leclair (1697-1764), extraite du premier livre (1730) ».

Overview, supports des interventions

Programme détaillé

8h45-9h15 : accueil des participants

9h15-9h30 : allocution de bienvenue, Nicolas Roussel, directeur du centre Inria Bordeaux – Sud-Ouest

9h30-10h : « A simple cure to the p < 0.05 disease », Guillaume Rousselet, Université de Glasgow

« In this talk, I will argue that there is no replicability crisis, just a collection of bad habits and wrong expectations from all involved in the research enterprise. The main habit is the use of P values and confidence intervals to dichotomise results as “significant” or “not significant”. This habit stems from poor training in statistics and unrealistic expectations about our research methods. The cure to the dichotomy madness involves important steps :

  • to provide clear definitions;
  • to embrace measurement uncertainty;
  • to understand the difficulty in assessing theories;
  • to accept that no single experiment can establish a new phenomenon;
  • to match statistical tools to empirical questions, instead of following the herd »

Guillaume Rousselet

Wilcox, Rand R., et Guillaume A. Rousselet. 2018. « A Guide to Robust Statistical Methods in Neuroscience ». Current Protocols in Neuroscience 82 (janvier): 8.42.1-8.42.30. https://doi.org/10.1002/cpns.41.

10h-10h20 : échanges avec le public

10h20-10h40 : pause-café

10h40-11h10 : « Curate Science: Nutritional Labels for Scientific Transparency« , Etienne LeBel, Université de Louvain

« Science requires transparency. No platform currently exists, however, to ensure that published scientific articles comply with the relevant transparency standards. Curate Science aims to solve this problem by building a community web platform for researchers to label, link, and organize the method/data transparency, result reproducibility, and replications of published findings. Think “nutritional labels for scientific articles.” The platform allows researchers to identify transparently reported research and track replications of published effects, which will maximize the re-use, efficiency, and value of research. The platform will also expedite systemic/institutional reforms for various research stakeholders by allowing journals, universities, and funders to ensure that their articles, employees, and grantees, respectively, comply with the appropriate transparency standards. »

Etienne LeBel

11h10-11h30 : échanges avec le public

11h30-12h : « Assisted Authoring for avoiding inadequate claims in scientific reporting », Patrick Paroubek, LIMSI (Laboratoire de recherche en Informatique pluridisciplinaire), CNRS

« First we will review what Natural Language Processing (NLP) offers for analyzing scientific publications through the example of the NLP4NLP corpus studies applied to the field of NLP itself. Then we will present ongoing research in the MIROR European Marie Sklodowska Curie Grant project, focusing on the work done to assist authoring for avoiding inadequate claims in scientific reporting, applied here to the specific use case of reporting randomized controlled trials (RCTs) results in the biomedical literature. Inadequate reporting is akin to spin in context of communication where it refers to misleading presentation or interpretation of information regarding an event, which is aimed at manipulating people’s perception of the topic. »

Patrick Paroubek

Début du projet : nov. 2016 ; durée du projet : 36 mois ; porteur : CNRS

  • MiRoR Project. (2016, janvier 25). Scientific programme MiRoR : Methods in Research on Research. Consulté 13 juin 2018, à l’adresse http://miror-ejd.eu/scientific-programme/

12h-12h20 : échanges avec le public

12h20-13h20 : buffet sur place offert

13h20-13h30 : Expérience autour de la reproductibilité, Sophie Pieraggi et Mario Peperoni. Intermède musical. Sonata II pour deux violons sans basse de Jean-Marie Leclair (1697-1764)-  extraite du premier livre (1730)

13h30-14h : « Reproducibility in ecological research: do we need to worry? », Alexandru Milcu, Centre d’écologie fonctionnelle et évolutive, CNRS

« Reproducibility—the ability to duplicate a study and its findings—is a defining feature of scientific research. Many scientific disciplines are currently experiencing a ‘reproducibility crisis’ because numerous scientific findings cannot be repeated consistently. However, the extent to which the findings of ecological studies can be reproduced is currently unclear. In this talk I will present evidence from a study that repeated a simple ecological experiment in 14 European laboratories. This study shows that the current standardization procedures used in ecological microcosm experiments are inadequate in accounting for laboratory-specific environmental factors and suggests that introducing controlled variability in experiments may buffer some of the effects of laboratory-specific factors. »

Alexandru Milcu

  • CNRS. 2018. « Recherche scientifique : limiter la « crise de reproductibilité » ». 2018. http://www.cnrs.fr/inee/communication/breves/b334.html.
  • Milcu, Alexandru, Ruben Puga-Freitas, Aaron M. Ellison, Manuel Blouin, Stefan Scheu, Grégoire T. Freschet, Laura Rose, et al. 2018. « Genotypic Variability Enhances the Reproducibility of an Ecological Study ». Nature Ecology & Evolution 2 (2): 279. https://doi.org/10.1038/s41559-017-0434-x.

14h-14h20 : échanges avec le public

14h20-14h40 : pause

14h40-15h10 : « rOpenSci, revues de packages R par les pairs pour une meilleure science« , Maëlle Salmon, rOpenSci

« rOpenSci est une communauté de chercheurs et de développeurs informatiques collaborant pour créer des paquets R pour soutenir la science ouverte et reproductible. Certains de ces paquets sont créés et maintenus par le personnel de rOpenSci, d’autres par des volontaires.
Pour assurer la qualité de tous les paquets, rOpenSci a un système de revue des paquets par des pairs, rOpenSci Software Peer Review. Ce système est transparent et accessible sur GitHub. Dans cette intervention nous présenterons les principes du système et son application, dans l’espoir de motiver votre participation… ou la création d’un système similaire dans votre domaine? »

Maëlle Salmon

15h10-15h30 : échanges avec le public

15h30-16h : « ReScience X : projet de revue dédiée à la reproductibilité expérimentale en psychologie », Etienne Roesch, Université de Reading

« D’aucuns considèrent les études de réplication inadaptées à certains domaines de recherche en raison de la nature des données traitées (ex. phénomènes naturels, études cliniques, etc.). Les détracteurs des études de réplication considèrent que ces travaux ont une valeur moindre que les études originales. Comment soutenir le développement d’études de réplication alors que le système d’évaluation des chercheurs met peu l’accent sur ce type de productions scientifiques ? Certains auteurs soulignent aussi l’impact psychologique des études de réplication : ne risquent-elles pas de fragiliser les auteurs de l’étude initiale ? Comment conduire un dialogue entre équipes ? Zwaan et ses co-auteurs évoquent une nouvelle modalité de collaboration entre chercheurs : « adversarial collaboration »(Zwaan et al. 2017).

La revue ReScience X transpose dans le domaine de la psychologie expérimentale le principe de la revue ReScience, fondée en 2015 par Konrad Hinsen et Nicolas Rougier. ReScience est une revue dédiée aux études de réplication dans le domaine des sciences computationnelles. »

Etienne Roesch et Nicolas Rougier

  • Rougier, Nicolas P., Konrad Hinsen, Frédéric Alexandre, Thomas Arildsen, Lorena Barba, Fabien C. Y. Benureau, C. Titus Brown, et al. 2017. « Sustainable computational science: the ReScience initiative ». PeerJ Computer Science 3 (septembre): e142. https://doi.org/10.7717/peerj-cs.142.

16h-16h20 : échanges avec le public

Informations pratiques

Sources

Barba, Lorena A. 2018. « Terminologies for Reproducible Research ». arXiv:1802.03311 [cs], février. http://arxiv.org/abs/1802.03311.

Benureau, Fabien, et Nicolas Rougier. 2017. « Re-run, Repeat, Reproduce, Reuse, Replicate: Transforming Code into Scientific Contributions ». arXiv:1708.08205 [cs], août. http://arxiv.org/abs/1708.08205.

Cornelius, Stephen. 2018. « Scholarly publishing is stuck in 1999 ». Stephen Cornelius (blog). 15 avril 2018. https://medium.com/@stphencornelius/scholarly-publishing-is-stuck-in-1999-507ab9bb06f5.

Desquilbet, Loïc. 2018. « Répétabilité, reproductibilité, et concordance de méthodes de mesure ». https://www.google.com/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=1&ved=0ahUKEwiBy6qMy4fbAhXEfFAKHQRBDp8QFgguMAA&url=https%3A%2F%2Feve.vet-alfort.fr%2Fmod%2Fresource%2Fview.php%3Fid%3D13266&usg=AOvVaw1ZbfUQpfig29zCNvqtcvuv.

Fanelli, Daniele. 2018. « Is Science Really Facing a Reproducibility Crisis, and Do We Need It To? » Proceedings of the National Academy of Sciences 115 (11): 2628‑31. https://doi.org/10.1073/pnas.1708272114.

Frankenhuis, Willem, et Daniel Nettle. 2018. « Open Science is Liberating and Can Foster Creativity ». Open Science Framework, février. https://doi.org/10.17605/OSF.IO/EDHYM.

Goodman, Steven N., Daniele Fanelli, et John P. A. Ioannidis. 2016. « What Does Research Reproducibility Mean? » Science Translational Medicine 8 (341): 341ps12-341ps12. https://doi.org/10.1126/scitranslmed.aaf5027.

Ioannidis, John P. A. 2005. « Why Most Published Research Findings Are False ». PLOS Medicine 2 (8): e124. https://doi.org/10.1371/journal.pmed.0020124.

Lakens, Daniel, Federico G. Adolfi, Casper Albers, Farid Anvari, Matthew A. J. Apps, Shlomo Engelson Argamon, Marcel A. L. M. van Assen, et al. 2017. « Justify Your Alpha: A Response to “Redefine Statistical Significance” ». PsyArXiv, septembre. https://doi.org/10.17605/OSF.IO/9S3Y6.

Lakens, Daniel, et Casper Albers. 2017. « When power analyses based on pilot data are biased: Inaccurate effect size estimators and follow-up bias ». PsyArXiv, juillet. https://doi.org/10.17605/OSF.IO/B7Z4Q.

Lilienfeld, S.O., and I.D. Waldman, eds. 2014. “Maximizing the Reproducibility of Your Research.” Psychological Science Under Scrutiny: Recent Challenges and Proposed Solutions, February. https://doi.org/. 

Milcu, Alexandru, Ruben Puga-Freitas, Aaron M. Ellison, Manuel Blouin, Stefan Scheu, Grégoire T. Freschet, Laura Rose, et al. 2018. « Genotypic Variability Enhances the Reproducibility of an Ecological Study ». Nature Ecology & Evolution 2 (2): 279. https://doi.org/10.1038/s41559-017-0434-x.

MiRoR Project. 2016. « Scientific Programme MiRoR : Methods in Research on Research ». Projet MiRoR (blog). 25 janvier 2016. http://miror-ejd.eu/scientific-programme/.

Nuijten, Michèle B., Chris H. J. Hartgerink, Marcel A. L. M. van Assen, Sacha Epskamp, et Jelte M. Wicherts. 2016. « The Prevalence of Statistical Reporting Errors in Psychology (1985–2013) ». Behavior Research Methods 48 (4): 1205‑26. https://doi.org/10.3758/s13428-015-0664-2.

Stodden, Victoria. 2011. « Trust Your Science? Open Your Data and Code ». Amstat News, 2.

Wilcox, Rand R., et Guillaume A. Rousselet. 2018. « A Guide to Robust Statistical Methods in Neuroscience ». Current Protocols in Neuroscience 82 (janvier): 8.42.1-8.42.30. https://doi.org/10.1002/cpns.41.

Yale Law School Roundtable on Data and Code Sharing. 2010. « Reproducible Research ». Computing in Science & Engineering 12 (5): 8‑13. https://doi.org/10.1109/MCSE.2010.113.

Zwaan, Rolf A., Alexander Etz, Richard E. Lucas, et M. Brent Donnellan. 2017. « Making Replication Mainstream ». Behavioral and Brain Sciences, octobre, 1‑50. https://doi.org/10.1017/S0140525X17001972.

Publier : supports de présentation

La diffusion des supports de présentation sur le site de l’Urfist est soumise aux autorisations accordées par les intervenants. Tous les supports ne sont pas disponibles.

Supports de formation

Pourquoi tous les supports de cours ne sont-ils pas disponibles sur le site web de l’Urfist?

Les supports sont diffusés sur le site web de l’Urfist sous réserve des autorisations accordées par leur auteur.

Où consulter les supports des formations suivies ?

Lorsque le formateur fournit un support numérique, le document est consultable après la formation via le compte personnel. Pour chaque formation, un espace de consultation des documents est votre disposition ; vous pourrez y consulter les supports mais aussi des liens. Le compte personnel est accessible sur authentification et seules les personnes ayant effectivement assisté à la formation peuvent consulter les documents.

Publié dans FAQ

Mon compte personnel

Dois-je me créer un compte utilisateur à chaque fois que je m’inscris à un stage?

Non, votre compte utilisateur est valable pour toutes les autres inscriptions auprès de toutes les Urfist. Si vous rencontrez des problèmes d’utilisation de la plateforme d’inscription, contactez-nous. La rubrique d’aide est disponible ici.

J’ai perdu mon mot de passe pour m’inscrire en ligne, comment faire?

Vous pouvez le réinitialiser vous-même en cliquant sur « J’ai oublié mon mot de passe ».

Mes identifiants sont-ils ceux de l’université, ou du CNRS par exemple?

Oui, en choisissant l’option « Se connecter avec un compte universitaire », vous verrez la liste des établissements avec lesquels la connexion à la plateforme d’inscription de l’Urfist peut être effectuée.

Vous n’avez pas d’identifiants universitaire et il s’agit d’une première inscription? Cliquez sur « Je n’ai pas encore de compte ».

Se connecter à la page d’authentification.

Publié dans FAQ

Fourniture de justificatifs, présence aux stages

Puis-je obtenir une attestation de présence? 

Oui, chaque participant reçoit par mail un message indiquant la mise à disposition de son attestation de présence. Le document mentionne entre autres : l’intitulé du stage, la date et le volume d’heures de formation reçu. Le document est à télécharger depuis son espace personnel de la plateforme d’inscription de l’Urfist. L’Urfist n’envoie pas les attestations aux écoles doctorales.

Puis-je suivre seulement une partie de la formation?

Non, il est très fortement déconseillé de n’assister que partiellement à un stage.

D’une part car la formation ne sera pas pleinement profitable au demandeur si elle est suivie partiellement.

D’autre part car cela pénalise les personnes sur liste d’attente qui pourraient bénéficier de la formation dans son intégralité.

Avant de vous inscrire, lorsque la formation dure plus de 3 heures notamment, merci de vous assurer que vous êtes disponible pour toute la durée de la formation.

J’ai besoin de fournir des attestations de présence pour des stages passés mais j’ai perdu les documents. Que faire?

Vos attestations sont disponibles dans votre compte personnel. Vous pouvez les télécharger. En cas de problème : urfist@u-bordeaux.fr

Publié dans FAQ

To cheat or not to cheat : The dark side of data science

Objectifs

  • This meeting is not a lecture course, but an exchange session dedicated to unorthodox practices in the field of research and more particularly, in the field of data science, but not only.
  • If there is a (very) dark side of research practices, there are also subtle margins within it could be helpful to move forward. And this time, it’s not about tricking. It’s about being more understandable. When cheating is not cheating.

Talks are delivered in English.

Vidéos des interventions

Programme

The event is organized in partnership with the doctoral school “Mathematics and Computing”.

Talks are delivered in English. Contact : Sabrina Granger

This meeting is not a lecture course, but an exchange session dedicated to unorthodox practices in the field of research and more particularly, in the field of data science, but not only.

If there is a (very) dark side of research practices, there are also subtle margins within it could be helpful to move forward. And this time, it’s not about tricking. It’s about being more understandable. When cheating is not cheating.

The point of this workshop is to help you to know where you stand, to give you a compass in a tortured landscape.

Will you meet the challenge of orthodoxe research practices?

To start the fight, first, you should know your enemy : p-hacking, low statistical power, failure to control bias, poor quality control, falsified data, writing your own peer-review, but also working with predatory publishers, keeping your code veiled

Do you see patterns in random data (aka apophenia ; Munafò et al., 2017)? Do you have « the tendency to focus on evidence that is in line with our expectations or favoured explanation » (aka confirmation bias ; Munafò et al., 2017)? Or maybe have you heard of « the tendency to see an event as having been predictable only after it has occurred » (aka hindsight bias ; Munafò et al., 2017)?

But you also should be aware of the wide and sometimes surprising range of possibilities to produce more understandable results and thus, a better research. Get the grip, it’s up to you!

Nicolas Rougier : “Ten Simple Rules for Scientific Fraud & Misconduct”

Abstract : « We obviously do not encourage scientific fraud nor misconduct. The goal of this talk is to alert the audience to problems that have arisen in part due to the Publish or Perish imperative, which has driven a number of researchers to cross the Rubicon without the full appreciation of the consequences. Choosing fraud will hurt science, end careers, and could have impacts on life outside of the lab. If you’re tempted (even slightly) to beautify your results, keep in mind that the benefits are probably not worth the risks », (N. Rougier, J. Timmer 2017)

Nicolas Rougier est chercheur Inria en neurosciences computationelles travaillant à l’institut des maladies neurodégénératives à Bordeaux. Il a co-fondé le journal ReScience qui est spécialisé dans la publication de réplication en sciences computationelles.

Christophe Bontemps : « How To Lie With Graphics? »

Abstract : « According to Mark Twain « There are three kinds of lies: lies, damned lies, and statistics’’.  Today, with the emergence of so-called Data Science and self-proclaimed data scientists, we observe that graphical lies are everywhere.  They are even more powerful than spurious statistics. Many graphics in blogs, newspapers, and TV convey information that is misleading, by mistake or on purpose.  I propose a short tutorial to visual fallacies and lies. My goal here is not to encourage cheating and lying, but on the contrary to highlight the techniques used to elaborate misleading data visualizations.  This introduction should help researchers, citizens, (data) journalists and decision makers to distinguish visual lies from consistent graphics.  » Chr. Bontemps

Christophe Bontemps est ingénieur de recherche à l’INRA au sein de la Toulouse School of Economics. Economètre-Statisticien de formation, il enseigne la visualisation des données depuis plusieurs années et est co-organisateur du Meetup Toulouse Dataviz.

Sources

Munafò, Marcus R., Brian A. Nosek, Dorothy V. M. Bishop, Katherine S. Button, Christopher D. Chambers, Nathalie Percie du Sert, Uri Simonsohn, Eric-Jan Wagenmakers, Jennifer J. Ware, and John P. A. Ioannidis. 2017. ‘A Manifesto for Reproducible Science’. Nature Human Behaviour 1 (1): 0021. https://doi.org/10.1038/s41562-016-0021.

Rougier, Nicolas P., and John Timmer. 2017. “Ten Simple Rules for Scientific Fraud & Misconduct”. https://hal.inria.fr/hal-01562601.

Journées d’étude

La diffusion des supports de présentation sur le site de l’Urfist est soumise aux autorisations accordées par les intervenants.

PROGRAMME 2019

PROGRAMME 2018

PROGRAMME 2017

PROGRAMME 2016

PROGRAMME 2015

PROGRAMME 2014

PROGRAMME 2013

  • 03/12 : Tablettes et smartphones
  • 09/04 : Les aspects juridiques de la mise en ligne des documents numériques
  • 20/06 : La curation de données
  • 29/10 : L’écriture à l’heure d’Internet

PROGRAMME 2012

  • 07/02 : Valorisation des ressources pédagogiques numériques
  • 03/04 : Évolution des formats de catalogage : RDA, FRBR
  • 14/06 : Bibliothèques et Chercheurs en Sciences Humaines et Sociales
  • 04/12 : Les licences nationales

PROGRAMME 2011

  • 08/02 : Métadonnées et mutualisation des ressources : archives ouvertes, OAI-PMH, portails
  • 05/04 : Évolution des moteurs de recherche sur Internet : moteurs graphiques, visuels, navigation à facettes, recherche sémantique, etc.
  • 16/05 : Économie de l’attention : usages numériques et appropriation des connaissances
  • 06/12 : Nouveaux modes de diffusion de la recherche : publication, échanges d’information et réseaux

PROGRAMME 2010

  • 09/02 : Les Archives ouvertes
  • 10/06 : L’édition électronique, quels modèles économiques ?
  • 09/11 : Catalogues de bibliothèques : quel avenir ?
  • 07/12 : Droits d’auteurs et documents numériques

PROGRAMME 2009

  • 10/02 : Droit d’auteur et documents électroniques
  • 07/04 : ORI-OAI pour le référencement et l’ indexation des ressources numériques
  • 04/06 : Les logiciels libres en bibliothèque : où en sommes-nous ?
  • 06/10 : La numérisation
  • 08/12 : Bibliothèques numériques, XML et métadonnées
  • 05/05 : Journée coorganisée avec l’ADBS et l’ARPIST : Chercheurs et droits d’auteurs ou comment diffuser juridiquement et techniquement ses productions scientifiques

Citer des références juridiques : guide et style Zotero de l’école doctorale Droit (Université de Bordeaux)

Consulter et emprunter le guide

Version imprimée et empruntable

Version numérique, téléchargeable

Télécharger le style automatisé (Zotero)

Démarrer avec le style

Le style bibliographique permet d’appliquer automatiquement les consignes du guide en utilisant les outils de rédaction bibliographique intégrés au logiciel, que ce soit pour :

  • créer des bibliographies indépendantes
  • pour gérer les citations dans un document (génération automatique des notes de bas de page et de la bibliographie en fin de document)
  1. Installer Zotero :
  2. Importer le style depuis l’entrepôt Zotero
  3. Consulter la notice d’utilisation du style (lecture conseillée avant toute utilisation du style) : section « Lisez-moi »

Lire une notice d’utilisation n’est généralement pas l’étape préférée quand on prend en main un outil…

« Lire la notice d’utilisation? »

Mais cette étape vous permettra de gagner du temps en adoptant d’emblée les bons réflexes.

Aller + loin avec le style

Besoin d’aide?

FAQ du guide et du style

D’où sont issues les préconisations du guide? Comment le guide a-t-il été conçu?

Les préconisations du guide sont issues d’une collaboration entre l’École doctorale de Droit de l’Université de Bordeaux et l’Urfist. Les auteurs du guide sont des : enseignants-chercheurs, des doctorants, des professionnels de l’information spécialisés dans le domaine du droit.

Vous souhaitez adapter cette démarche pour votre établissement? Consultez : Flamerie de Lachapelle, Frédérique. 2019. « Créer un style pour Zotero correspondant à une norme bibliographique juridique : retour d’expérience bordelais. Billet invité ». Billet. UrfistInfo (blog). 2 juillet 2019. https://urfistinfo.hypotheses.org/3305.

Je suis doctorant.e en droit à l’Université de Bordeaux. Suis-je obligé.e d’appliquer les consignes du guide?

Non. Il s’agit de préconisations, sans caractère obligatoire. S’appuyer sur ces recommandations permet de gagner du temps et de produire une bibliographie homogène et cohérente, plus lisible pour les lecteurs de votre thèse.

Les sites que j’utilise sont peu souvent compatibles avec Zotero. En général, j’ai un gros travail de reprise de données à prévoir. Est-ce la peine d’utiliser Zotero?

Absolument. Certes, le style conçu par l’ED Droit de l’Université de Bordeaux et l’Urfist ne résout pas le problème de la compatibilité entre Zotero et les sites web juridiques notamment. Il s’agit d’une autre question.

Une fois effectué le travail d’adaptation des données bibliographiques importées, vous n’avez pas à y revenir. La référence biblio est prête à l’emploi et réutilisable ad lib.

Utiliser Zotero permet de constituer une base de données personnelle de références bibliographiques interrogeable et facile à gérer sur le long terme. Les outils d’interrogation et d’organisation de Zotero sont puissants et simples à utiliser.

A la différence de l’outil de citation de Word par exemple, Zotero centralise en 1 seul endroit toutes vos références : 1 même référence peut être citée dans plusieurs fichiers sans que vous ayez à la créer de A à Z. Dans l’outil de Word, peu importe si vous avez déjà cité la référence : vous allez devoir la créer si vous ouvrez un nouveau fichier.

Si certains sites d’éditeurs juridiques n’offrent pas un niveau de compatibilité optimal, les données issues des catalogues de bibliothèques s’importent très facilement, sans scories ou lacunes majeures. Ainsi, toutes les références de monographies, de thèses, etc. issues de ces catalogues (ex. catalogue national des BU) s’importent aisément.

Dois-je obligatoirement utiliser la version automatisée des préconisations du guide?

Non, il n’y a aucune obligation. Il est tout à fait possible de traiter ses références manuellement. En effet, si vous avez déjà rédigé la majeure partie de votre manuscrit, il n’est pas forcément opportun de recourir au style automatisé car la reprise des références serait trop fastidieuse.

Si en revanche, vous entamez la rédaction, il est fortement conseillé de recourir au style automatisé. Il vous permettra de gérer plus facilement des volumes importants de sources, de les citer de manière cohérente automatiquement, de créer votre bibliographie finale en un clic, etc.

Je souhaiterais modifier le style. Est-ce possible?

Oui. Le format CSL est un format ouvert. Il est possible de créer, de personnaliser un style.

Je suis intéressé.e par le style mais par où commencer? j’ai toujours traité mes références manuellement.

Une initiation à Zotero vous permettra de comprendre les finalités de l’outil et ses fonctionnalités principales. L’Urfist de Bordeaux propose régulièrement des formations. Il existe aussi une documentation abondante. Quelle que soit l’option que vous retenez, nous vous invitons fortement à vous former à Zotero pour installer et utiliser facilement le style de l’ED droit de l’Université de Bordeaux. Pas convaincu.e? Comprendre ce que Zotero peut vous apporter.

Inscriptions

Le stage qui m’intéresse est complet, il n’est plus possible de s’inscrire. Que faire?

Contactez l’Urfist pour être mis sur liste d’attente. En cas de désistements et en fonction de votre rang dans la liste d’attente, l’Urfist vous contactera pour vous proposer une place. La liste d’attente permet également à l’Urfist de contacter en priorité les personnes recensées lorsqu’un stage similaire est programmé de nouveau.

On me demande d’indiquer mon n° de téléphone dans mon compte personnel. Pourquoi est-ce important?

Il est préférable d’indiquer un numéro de téléphone pour pouvoir être joint.e par l’Urfist si une place s’est libérée suite à une annulation de dernière minute.

Je ne peux plus participer au stage auquel je m’étais inscrit. Comment me désister?

Les désistements s’effectuent depuis le compte personnel. A partir du 5ème désistement enregistré sur une année universitaire, l’Urfist se réserve le droit d’annuler les demandes d’inscriptions validées et/ou de refuser les autres demandes.

Je me suis inscrit(e) à une formation dont l’inscription n’est pas encore validée mais ne suis plus disponible. Comment annuler ma demande?

Vous pouvez annuler votre demande depuis le compte personnel. Vous n’avez pas d’autre démarche à effectuer. Si votre demande est acceptée, nous vous invitons à anticiper et à vous désister au plus tard 3 jours avant le stage : vous permettez ainsi à une personne sur liste d’attente de profiter de votre place.

Comment me tenir facilement informé des nouveaux stages et nouvelles sessions proposés?

En vous abonnant au compte Twitter de l’Urfist, vous pouvez suivre les actualités sans avoir besoin de consulter le site. Les annonces de stage sont aussi diffusées par mail via les listes de diffusion des universités et des EPST.

Puis-je m’inscrire aux stages par mail?

Non, les demandes d’inscription doivent être effectuées en ligne. Les demandes adressées par mail ou téléphone ne sont pas prises en compte. En cas de problème pour accéder au compte personnel, contactez-nous.

J’ai fait une demande d’inscription en ligne, ma demande est-elle automatiquement acceptée?

Non. Dès validation définitive de votre demande, vous recevrez une notification automatique. Et à quelques semaines de la date du stage, vous recevrez un mail de convocation.

Les personnels de l’enseignement supérieur et des EPST doivent fournir une autorisation signée par leur supérieur hiérarchique.

Le stage auquel je souhaite assister n’est pas complet et je suis pourtant placé sur liste d’attente. Pourquoi?

2 cas de figure sont possibles : (1) soit l’effectif est complet et le demandeur est placé automatiquement sur la liste d’attente principale. Une fois que la liste d’attente principale est complète, dès lors, il n’est plus possible pour les demandeurs de procéder directement à leur inscription en ligne via la plateforme. Il faut dans ce cas envoyer une demande à l’Urfist qui placera le demandeur sur la liste d’attente complémentaire ; (2) soit le profil du demandeur ne correspond pas aux publics cibles du stage : en effet, certaines formations ciblent particulièrement les doctorants, les chercheurs ou les enseignants-chercheurs ; ou d’autres stages peuvent par exemple concerner en priorité les personnels des bibliothèques.

Afin de garantir la meilleure adéquation entre le contenu proposé et le profil des stagiaires, il est possible d’être mis sur liste d’attente par l’Urfist : la priorité est donnée aux participants correspondant au public cible.

La formation a lieu dans quelques jours, mais je n’ai pas reçu de mail de convocation, que faire?

Vérifiez l’adresse mail renseignée dans le compte utilisateur de la plateforme d’inscription. Si l’adresse mail est valide, contactez l’Urfist par mail dans les plus brefs délais.

Les formations de l’Urfist peuvent-elles être suivies dans le cadre du compte personnel de formation (dispositif ayant remplacé le Droit Individuel à la Formation – DIF)?

Oui, toutes les formations ne relevant pas de l’adaptation immédiate au poste peuvent être prises sur le quota d’heures du compte personnel de formation. Tout dépend de la nature du besoin de formation plus que du thème de la formation.

Publié dans FAQ

Demandes de stages

Puis-je faire des demandes de stages?

Oui, s’il s’agit d’une demande individuelle, vous pouvez tout à fait nous transmettre vos attentes.

Les questionnaires de satisfaction remplis par les stagiaires à chaque fin de formation permettent aussi de transmettre des demandes de stages.

Vous pouvez également faire une demande de stage sur mesure s’il s’agit d’une demande collective.

Matériel, accès à la salle

Est-il possible d’emprunter la salle de formation de l’Urfist?

La salle de formation peut être réservée par les services de l’université ou des EPST pour des actions de formations.

Pour faire une demande de réservation.

La salle doit être rendue dans l’état de propreté dans lequel elle a été trouvée.

La salle peut aussi être louée à des extérieurs à l’université. Coût de la journée : 300 euros TTC. Pour des informations complémentaires.

Publié dans FAQ

Un environnement numérique de recherche portable et stable : pour une recherche répétable et reproductible

Objectifs

La manifestation est organisée en partenariat avec la délégation Aquitaine du CNRS.

  • Sensibiliser les participants aux enjeux de reproductibilité et de répétabilité de la recherche
  • Améliorer la portabilité et sécuriser la réutilisation de ses outils numériques pour obtenir des résultats fidèles
  • Donner à voir des cas d’utilisation de containers et autres solutions logicielles en recherche, fournir des exemples de workflows dans une perspective utilisateur final et non pas administrateur réseaux

Cette initiation est ouverte à tous publics intéressés par les questions de : répétabilité, reproductibilité de la recherche, travail collaboratif, préservation des environnements numériques scientifiques.

Inscription en ligne obligatoire et gratuite pour toutes catégories de publics.

Programme

« Une seule mise à jour/montée de version effectuée et tout est dépeuplé »

(ancien proverbe informatique librement inspiré de Lamartine)

Vous n’obtenez plus les mêmes résultats alors que vous suivez le même protocole. Vos collègues parviennent encore moins à reproduire votre démarche alors qu’en apparence, leur environnement informatique est similaire au vôtre. Comment s’assurer d’être en mesure de réitérer des démonstrations X semaines, X mois, X années plus tard? Cette introduction aux containers (Docker et Singularity) et au gestionnaire de paquets GNU Guix se veut un panorama critique des solutions techniques, accessible à toute personne intéressée par la question de la portabilité et de la fiabilité de ses outils de recherche. Ces questions sont ici traitées sous l’angle des enjeux pour les chercheurs et chercheuses, et non pas sous l’angle de l’administration de réseaux. La formation prend la forme d’un court workshop.

Introduction, par François Pellegrini, professeur à l’Université de Bordeaux, chercheur Inria-Labri

« Fiabiliser son environnement de recherche : introduction aux containers Docker et Singularity« , Adalbert Arsen

Pourquoi déployer un container plutôt qu’une machine virtuelle? Quels sont les avantages et limites de ce type d’outils? Et surtout, à quels besoins de recherche les containers répondent-ils? Certaines revues intègrent désormais le déploiement de containers à leur workflow. Quelles étapes prévoir? Quelles compétences mobiliser? Quels sont les cas d’usages possibles dans un workflow de recherche?

« Portabilité de R : dockeriser une appli Shiny » : Vincent Guyader

« Lorsque l’on cherche à développer puis à déployer une application R (typiquement une application shiny), plusieurs aspects sont à prendre en compte (Note : Ce qui suit s’adapterait à n’importe quel « produit » basé sur R) : que va devenir cette application? Qui va être en charge de la déployer? À combien d’utilisateurs s’adresse-t-elle? Doit-elle être installée en local sur les postes des utilisateurs, ou accessible en ligne? Sera elle publique ou privée? Les réponses à ces questions vont orienter directement des choix techniques, qu’il faudra parfois mettre en place très tôt dans la phase de développement de l’appli. En effet, il y a un gap énorme entre avoir un app.R qui tourne bien en local sur son poste, et avoir une application shiny en production accessible au plus grand nombre. », V. Guyader (cf. 6èmes Rencontres R, Anglet, 2017)

« Au-delà des conteneurs. Environnements logiciels reproductibles avec GNU Guix » : Ludovic Courtès

« Docker et Singularity peuvent reproduire un environnement logiciel à l’identique mais permettent difficilement d’aller au-delà d’expérimenter. Peut on concilier reproductibilité et expérimentation pour les environnements logiciels? GNU Guix est comparable à apt-get, yum ou CONDA, mais il fournit des binaires reproductibles bit à bit avec un suivi de leur provenance. Il peut aider à la gestion d’environnements à la « module » ou VirtualEnv, ou encore provisionner des conteneurs. J’évoquerai notre expérience avec Guix en calcul intensif (HPC) », L. Courtès

En savoir + sur GNU Guix

Intervenants

Docteur en hydrologie spatiale, Adalbert Arsen a exercé des activités de recherche au seln du laboratoire LEGOS (UMR 5566) à Toulouse. Il se consacre désormais à la formation au traitement des données de recherche (programmation, analyse et traitement des données, notamment données géographiques) et possède également une expertise dans le domaine de la communication scientifique (poster scientifique, rédaction d’article, vulgarisation scientifique).

Ingénieur de recherche au centre Inria Bordeaux Sud-Ouest (Service d’Expérimentation et de Développement), Ludovic Courtès s’est spécialisé dans le calcul intensif.  Il est initiateur et co-mainteneur du projet GNU Guix et une des personnes à l’origine du projet Guix-HPC.  Il est aussi co-mainteneur de GNU Guile qui met en œuvre le langage de programmation fonctionnelle Scheme.

Data scientist, Vincent Guyader est gérant de la société ThinkR,  société spécialisée dans les applications et la formation au logiciel R. ThinkR accompagne les entreprises de tous secteurs (pharma, finance, agronomie…) dans leur problématiques de datascience nécessitant l’usage de R : création et déploiement d’application, migration SAS vers R, installation et maintenance de serveur de calcul, formation et coaching d’équipe.

Ressources

Communiquer : supports de présentation

La diffusion des supports de présentation sur le site de l’Urfist est soumise aux autorisations accordées par les intervenants. Tous les supports ne sont donc pas disponibles.

Le peer review à l’ère de l’open science : enjeux et évolutions

Argumentaire

Les formes traditionnelles du peer review font régulièrement l’objet de critiques de la part des chercheurs eux-mêmes : le processus est jugé lent, coûteux et opaque. L’abondante littérature sur le sujet souligne également d’autres écueils du peer review  (Souder 2011) : les biais en faveur d’auteurs issus de prestigieuses institutions ; un traitement inéquitable selon le niveau de maîtrise d’anglais des auteurs ; le risque de privilégier les résultats au détriment de la méthode, l’application de procédures inadaptées à l’évaluation de manuscrits à fort caractère interdisciplinaire ; et plus généralement, un tropisme pour ce que L. Souder nomme « scientific conservatism » (Souder 2011:55).

Par ailleurs, alors que le nombre d’articles augmente de manière exponentielle, les revues sont confrontées à la difficulté de trouver des rapporteurs. M. Kovanis et ses co-auteurs (Kovanis et al. 2016) alertent sur les atteintes à la qualité du processus engendrées par la sur-sollicitation d’un nombre restreint de rapporteurs. De plus, la pénurie de rapporteurs est aggravée par le fait que l’évaluation ne porte plus seulement sur des manuscrits mais s’étend désormais également à des jeux de données, du code informatique par exemple. Ainsi que le soulignent B. Lawrence et ses co-auteurs (Lawrence et al. 2011:11), le peer review de données sources nécessite de recourir non seulement aux compétences de spécialistes de la discipline, mais aussi de s’appuyer sur des experts techniques.

Autre paradoxe du peer review : alors que la publication d’articles dans des revues considérées comme prestigieuses reste déterminante dans l’attribution de financements et de promotions, l’activité de reviewing s’avère peu ou mal valorisée.

Selon J.P. Tennant et ses co-auteurs (Tennant et al. 2017), grâce aux possibilités offertes par l’édition numérique, nous assistons à une période d’expérimentation et d’innovation dans le domaine du peer review. Or si des outils répondent aux besoins de traçabilité et d’interopérabilité, il s’agit moins d’une évolution technique que culturelle.

Dans quelle mesure le paradigme de l’open science peut-il apporter des réponses à la crise du peer review ? Par ailleurs, de quoi l’open peer review est-il le nom ?

Quels sont les impacts sur le peer review de la logique de décloisonnement inhérente à l’open science?

De quelle manière les institutions de recherche peuvent-elles jouer un rôle plus actif dans un écosystème de la publication dominé par les éditeurs ? La publicisation des évaluations renforce-t-elle ou fragilise-t-elle les reviewers?

La journée d’étude n’est pas filmée.

Programme

8h45-9h : accueil des participants

9h-9h15 : allocution de bienvenue, Nicolas Roussel, directeur du Centre Inria Bordeaux-Sud-Ouest

« Peer Community in : un système de recommandation public et gratuit de preprints » ; Thomas Guillemaud (Inra)

9h15-10h

« Pour offrir une alternative au système actuel de publication – qui est notamment coûteux et peu transparent – nous avons initié le projet Peer Community in (PCI). PCI repose sur la publication d’évaluations critiques et de recommandations d’articles non encore publiés, mais déposés – et gratuitement accessibles – sous forme électronique dans des archives ouvertes disponibles sur internet. Ces évaluations et recommandations sont réalisées bénévolement par les chercheurs sans aucun lien avec des éditeurs privés.

Les frais de publication disparaissent : PCI offre la possibilité de valider, diffuser et consulter gratuitement les articles qui lui sont soumis. Les délais d’accès à l’information sont nuls : les articles scientifiques évalués sont déposés dans les archives ouvertes dès la fin de leur écriture. Le système devient transparent : les critiques, les décisions éditoriales, les réponses des auteurs et les recommandations sont publiées sur le site de la communauté scientifique concernée. » D. Bourguet, T. Guillemaud

10h-10h15 : échanges avec le public

10h15-10h35 : pause café

Valoriser le travail des reviewers : retours d’expérience autour du dépôt en accès libre des avis (Publons, etc.) ; chercheurs invités : Florence Débarre (Centre Interdisciplinaire de Recherche en Biologie, Collège de France) ; Fabien Lotte (équipe Potioc, Inria) ; Nicolas Rougier (équipe Mnemosyne, Inria) ; Olivier Sandre (Laboratoire de Chimie des Polymères Organiques, CNRS). Animateur de la table-ronde : Hervé Maisonneuve (médecin et consultant, rédacteur du blog « Rédaction médicale et scientifique »).

10h35-11h15

Publons a pour ambition de valoriser l’activité des reviewers, encore peu reconnue dans l’évaluation des chercheurs. Chaque rapporteur peut ainsi rendre publique son activité. La plateforme est interfacée avec Orcid pour que l’ensemble de l’activité de recherche soit documentée de manière centralisée. D’autres solutions seront également évoquées.

11h15-11h30 : échanges avec le public

« Le futur du peer review en sciences du vivant et de la santé » ; Hervé Maisonneuve (médecin et consultant, rédacteur du blog « Rédaction médicale et scientifique »)

11h30-12h

« Le peer review est accusé de tous les maux (lent, inefficace, biaisé), mais il n’y a pas mieux ! Le peer review ouvert semble satisfaire certaines communautés, mais il est refusé par d’autres. Valoriser le travail de relecture pourrait améliorer la qualité du peer review, mais cela doit être démontré. Des revues utilisent un modèle appelé ‘Registered Reports’ : les chercheurs soumettent l’introduction et les méthodes et le comité de rédaction donne une acceptation sous réserve. Le chercheur conduit ses expériences, et que les résultats soient positifs ou négatifs, ils seront publiés, après une relecture pour s’assurer de la cohérence de l’article avec les objectifs initiaux. Ce modèle a des variantes. A long terme, l’intelligence artificielle pourrait remplacer des relecteurs, et faire aussi bien voire mieux. » H. Maisonneuve

12h-12h15 : échanges avec le public

12h15-14h : buffet sur place offert

« Emergent Scientist : une initiation par la pratique à la publication scientifique » ; Arnaud Raoux (Ecole Normale Supérieure, Ulm)

14h-14h30

« La publication scientifique est très largement absente des formations universitaires, et les étudiants qui achèvent leurs études avant le doctorat n’ont presque aucune occasion de se familiariser avec la lecture, l’écriture ou l’évaluation d’articles de recherche. Pourtant, il est indispensable de connaitre le fonctionnement de la publication scientifique pour comprendre le fonctionnement des sciences sur lesquelles reposent nos sociétés.

Emergent Scientist (EmSci) est un journal open access créé par la Société Française de Physique et EDP Sciences pour répondre à ce besoin. Lancé en Septembre 2017, EmSci reprend la structure classique d’un journal à comité de lecture, en adaptant ses procédures et critères d’évaluation pour permettre à des étudiants de publier leurs travaux et de s’impliquer à toutes les étapes du journal, de la lecture à l’édition.

Dans cet exposé, je présenterai ce journal, depuis sa conception jusqu’à son lancement, en soulignant les préoccupations pédagogiques de ce projet. » D. Suchet, A. Raoux

14h30-14h45 : échanges avec le public

« Open peer review in DIGITAL.CSIC : analyzing potential roles of institutional repositories in the future of scholarly communication » ; Isabel Bernal (Unit of Information Resources for Research, Spanish National Research Council)

14h45-15h05

« DIGITAL.CSIC, the Open Access repository of the Spanish National Research Council, launched an Open Peer Review Module in April 2016. The module falls within the range of the repository’s activities to advance Open Science and has contributed to open a debate as to opportunities for institutional repositories in a new scholarly evaluation and communication system. The talk will give an overview of how the module has been used thus far and perceptions by scientific community about current peer review crisis. » I. Bernal  

15h05-15h15 : échanges avec le public

15h15-15h30 : pause

« Voir, cacher, se cacher, être vu… Politiques de l’anonymat dans le journal peer review » ; David Pontille (CNRS, CSI-I3) et Didier Torny (CNRS, CSI-I3)

15h30-16h

« Faut-il rendre les auteurs et les évaluateurs d’articles anonymes afin de garantir l’objectivité des jugements ? Faut-il au contraire lever toute forme d’anonymat au nom de la transparence du processus d’évaluation ? Ou bien encore, faut-il que les évaluateurs sachent l’origine des articles afin d’en apprécier la pertinence et la qualité ? Dans cette communication, nous questionnerons l’évaluation par les pairs dans les revues à partir d’une approche diachronique des pratiques en vigueur dans différentes disciplines. Nous verrons que les politiques d’anonymat n’arbitrent pas uniquement les relations de visibilité entre auteurs et évaluateurs, mais revendiquent des valeurs morales contrastées du jugement scientifique.  » D. Pontille et D. Torny

16h-16h15 : échanges avec le public

Synthèse et conclusion de la journée par Nicolas Rougier (Inria)

16h15-16h30

Sources

  • Kovanis, Michail, Raphaël Porcher, Philippe Ravaud, and Ludovic Trinquart.  2016     The Global Burden of Journal Peer Review in the Biomedical Literature: Strong Imbalance in the Collective Enterprise. Lutz Bornmann, ed. PLOS ONE 11(11): e0166387.
  • Lawrence, Bryan, Catherine Jones, Brian Matthews, Sam Pepler, and Sarah Callaghan.  2011     Citation and Peer Review of Data: Moving Towards Formal Data Publication. International Journal of Digital Curation 6(2): 4–37.
  • Souder, Lawrence.  2011     The Ethics of Scholarly Peer Review: A Review of the Literature. Learned Publishing 24(1): 55–72.
  • Tennant, Jonathan P., Jonathan M. Dugan, Daniel Graziotin, et al.  2017     A Multi-Disciplinary Perspective on Emergent and Future Innovations in Peer Review. F1000Research 6: 1151.

Informations pratiques

Gérer ses informations, ses données : supports de présentation, guides

La diffusion des supports de présentation sur le site de l’Urfist est soumise aux autorisations accordées par les intervenants. Tous les supports ne sont donc pas disponibles.

Du montage de projet de recherche à la publication : enjeux et pratiques autour des données primaires

Argumentaire

La gestion de ses données présente un enjeu majeur en termes de visibilité et de rayonnement de ses recherches. Il s’agit de pouvoir exploiter les données produites, les préserver mais aussi les réutiliser et faciliter de nouvelles recherches. Ainsi, bien documenter ses données est devenu une étape incontournable du montage de projet et ces données peuvent par la suite être valorisées par leurs auteurs ou d’autres chercheurs via des data papers, le dépôt des données dans des entrepôts dédiés.

À l’heure de la remise en question des processus de validation des travaux, la gestion des données de recherche intervient aussi comme un outil de contrôle de qualité au service des chercheurs. Si la tâche peut sembler chronophage, elle constitue néanmoins un retour sur investissement considérable pour une équipe. Elle s’inscrit également dans une démarche de « science ouverte » qui contribue à renforcer la place de la science dans la société.

De quoi parle-t-on lorsqu’on parle de « données » ? Quels sont les enjeux de la gestion des données pour la recherche ? Quelles sont les conséquences de cette gestion pour les publiants? Quels sont les impacts sur les processus de l’édition scientifique (data papers, nécessité de rendre les données citables ; normes pour citer les données? Quels sont les enjeux transverses? (technique, juridique, éthique, etc.) ? Quelles sont les étapes et les bonnes pratiques à suivre pour le montage d’un projet, puis en cours de projet et à son issue ? Quels sont les enjeux juridiques liés ?

Programme

Consulter les vidéos de la journée

9h00-9h30 : Accueil participants

9h30-9h45Présentation du réseau Renatis par Ariane Rolland et Romain Vanel

9h45-10h15 :  « Les données primaires dans la recherche : introduction et enjeux », Frédérique Flamerie, conservateur des bibliothèques à l’Université de Bordeaux

Télécharger la bibliographie au format .bib pour un import facilité dans votre outil de gestion de références biblios

Qu’elles soient big, small, dark ou open, les data prennent une place centrale dans les processus de financement et de publication de la recherche, avec des impacts tant individuels que collectifs, tant techniques que scientifiques et éthiques.

Nous tenterons ainsi de caractériser cet objet divers et protéiforme qu’est la donnée de recherche, pour appréhender les multiples enjeux auxquels elle confronte la communauté scientifique au sens large. Enfin, nous dégagerons quelques perspectives à la fois concrètes et politiques à partir d’exemples français et internationaux.

10h15-10h30 Questions avec le public

10h30-11h : « Les données au cœur des projets de recherche », Christine Mahodaux, responsable du Service Partenariat et Valorisation de la délégation Aquitaine du CNRS

Quelles bonnes pratiques pour le montage de dossier? Quelles étapes? Situation France/international (projets ANR/H2020…) ». Gérer des données de recherche fait partie intégrante du projet de recherche. La gestion des données de recherche requiert une organisation, une planification, et un suivi rigoureux tout au long de la vie de projet et au-delà pour assurer la pérennité, l’accessibilité et la réutilisation de ces données.

Thèmes abordés : La prise en compte de la gestion des données dans le cadre du montage de projet ; La propriété et la protection des données ; Les bonnes pratiques ( cahier de laboratoire, conservation et archivage, diffusion etc..) ; Les préconisations en fonction des financeurs

11h-11h15 : Questions avec le public

11h15-11h35 : Pause

11h35-12h : « L’ouverture des données de la recherche : quelles conséquences juridiques pour le chercheur? », Hélène Skrzypniak, maître de conférences en droit privé à l’URFIST, membre de l’IRDAP

Ces dernières années, les textes destinés à promouvoir l’ouverture des données de la recherche se sont multipliés, tant au niveau international que national. Le mouvement est aujourd’hui désigné sous les termes d’open access. Il vise, notamment, à encourager la publication en libre accès des publications scientifiques.  La France n’a pas été épargnée par ce mouvement comme en atteste l’adoption récente de la loi pour une République numérique du 7 octobre 2016 dont plusieurs dispositions visent à favoriser l’ouverture des données de la recherche.

Ces différents textes créent ainsi des nouvelles obligations pour le chercheur  mais aussi de nouveaux droits. Dans ce contexte, nous proposons de revenir sur le cadre juridique de l’ouverture des données de la recherche : quelles sont les données concernées ? Quelles conditions doivent être respectées ? L’ouverture des données est-elle une obligation pour le chercheur ? Quelle protection pour le chercheur qui ouvre ses données ?

12h-14h : Buffet sur place

14h-14h30 : « Retour d’expérience : Mise en place de plans de gestion au centre de calcul de l’in2p3 et applications », Pascal Calvat, Informaticien à IN2P3

Le centre de calcul de l’in2p3 souhaite mettre en place un plan de gestion de données pour l’ensemble de ses 2500 utilisateurs sur une période de deux ans. Une fois collectées, les politiques des plans de gestion devraient être mises en œuvre au travers d’une application informatique en cours de prototypage.

14h30-15h « Retour d’expérience : Projet d’archivage à long terme pour les données 3D archéologiques », Sarah Tournon-Valiente, UMS Archéovision à Bordeaux

Les projets de recherche en SHS et plus particulièrement en archéologie n’hésitent plus à intégrer des données 3D. Que faire de ces données 3D de plus en plus volumineuses ? Comment les stocker , les pérenniser ?

Le laboratoire Archeovision avec sa cellule de transfert Archeotransfert, grand producteur de données 3D pour les SHS s’est rapidement préoccupé de ces questions, créant le premier conservatoire 3D en SHS. Aujourd’hui, le projet d’archivage mené par Archéovision au sein du consortium 3D d’Huma-Num vient compléter ce premier dispositif.

15h-15h15 : Pause

15h15-16h : Table ronde avec les intervenants de la journée, animée par Julien Baudry, conservateur de bibliothèque à l’Université Bordeaux Montaigne

Informations sur la salle de l’Urfist à destination des formateurs.rices

Les numéros d’urgence en cas de problème informatique sont indiqués sur le bureau du formateur. Il n’y a pas de téléphone dans la salle de formation, merci de prévoir votre portable.

La salle doit être verrouillée lors des pauses déjeuners et en fin de formation.

Les stagiaires ne sont autorisés ni à déjeuner dans la salle, ni à laisser leurs affaires en fin de journée lors d’un stage sur plusieurs jours, pour des raisons de sécurité et d’hygiène.

Matériel mis à disposition

  • 1 poste formateur
  • 16 postes stagiaires
  • Tous les postes se lancent sans mot de passe ; en cas de problème, redémarrer l’ordinateur
  • OS : Windows 7
  • Suite bureautique : Office 2010
  • Pour connaître la version du logiciel sur lequel vous allez intervenir, contacter l’Urfist
  • Wifi : accès au réseau local Réaumur et au réseau sécurisé Eduroam
  • Dossier partagé poste formateur et postes stagiaires : raccourci sur le bureau intitulé « Partage » : seul le formateur peut déposer et supprimer les documents dans cet espace ; les stagiaires ont un droit de lecture.
  • Les fichiers sont supprimés automatiquement tous les soirs. Seuls les documents déposés par le formateur dans l’espace partagé sont conservés.
  • 1 vidéoprojecteur
  • 1 paperboard, 1 tableau blanc
  • Le mobilier ne peut pas être déplacé
  • L’Urfist ne fournit pas d’adaptateur Mac

Vous utilisez R

Le package souhaité n’est pas installé? passez par RStudio pour importer le.s package.s souhaité.s. (En passant directement par la console R, vous ne disposez pas des droits nécessaires.)

Informations sur le navigateur Firefox

Les postes de la salle sont équipés de la version ESR de Firefox . Cette version est dédiée aux collectivités. Le rythme des MAJ de cette version est différent de celui pour les particuliers. Ainsi, la version ESR 31.8 correspond en réalité à la version 39 pour les utilisateurs particuliers.
Pour s’assurer de la compatibilité des plugins ou extensions auxquels vous aurez recours pendant la formation, nous vous demandons d’en fournir la liste complète au plus tard 1 mois avant la formation pour test sur les postes.

Données de recherche : pratiques de chercheurs. Retours d’expérience et ateliers

Argumentaire

Les organismes de recherche mettent un accent de plus en plus fort sur le partage des données scientifiques. Dès lors se pose la question des prérequis à identifier pour mettre à disposition des données exploitables. En effet, l’explosion des volumes de données produites dans le cadre d’activités scientifiques et l’hétérogénéité des formats impliqués contraignent les unités de recherche à faire profondément évoluer leurs pratiques de gestion en vue de préserver leur patrimoine sur le long terme et de garantir un accès à des données utilisables.
Mais la notion de « donnée de recherche » s’avère difficile à définir tant elle revêt des acceptions très différentes en fonction des disciplines. Dans certaines disciplines, de par les méthodes de collecte ou en raison de très forts enjeux économiques, le circuit des données est très restreint, alors que dans d’autres spécialités, les données peuvent être mises à disposition d’une communauté scientifique dès la soumission d’un article. Le Digital Curation Centre considère que toute donnée utile dans le cadre de la recherche est une donnée de recherche. Dans son rapport dédié aux enjeux éthiques du partage de données, le centre d’éthique du CNRS  précise que peuvent être considérées comme données de recherche : les données primaires ou données collectées (observations, mesures, etc.) ; les données secondaires ou version enrichie des données primaires car une dimension interprétative est ajoutée ; les métadonnées qui permettent quant à elles de gérer et de faciliter l’accès aux données primaires et secondaires.
Outre des évolutions en termes de pratiques de gestion, la problématique des données de recherche engendre une mutation des pratiques scientifiques : éditeurs et bailleurs de fonds accordent une place de plus en plus importante à l’accès aux données, à des fins de transparence notamment. Si l’ouverture des données de recherche ne constitue pas la seule réponse pour s’assurer de la rigueur d’une démarche scientifique, il n’en demeure pas moins que cette question tend à devenir centrale pour toutes les disciplines. La question de l’obsolescence des données est également incontournable. L’ouverture et le partage de données soulèvent également de nombreuses interrogations juridiques.

L’objectif de la journée est de mettre en lumière à la fois la diversité des pratiques et des problématiques inhérentes aux disciplines concernées ainsi que les enjeux transverses pour les chercheurs.

La journée est co-organisée par l’Université de Pau et des Pays de l’Adour et par l’Urfist de Bordeaux ; elle s’inscrit dans le cadre d’un cycle de manifestations co-organisées avec le Laboratoire d’informatique de l’UPPA (Liuppa).

Télécharger le programme, les infos sur l’accès à la salle

Programme

Consulter les vidéos de la journée

9h-9h15 : accueil des participants
9h15-9h30 : allocution d’ouverture, par Isabelle Baraille, VP Recherche UPPA
9h30- 9h45 : Enjeux des données de recherche : l’expérience du Liuppa (Laboratoire d’informatique de l’UPPA)
9h45-11h15 : Table ronde animée par Frédéric Tesson (Professeur des universités et Vice Président de la CFVU UPPA) et Gaëlle Chancerel (service commun de la documentation UPPA) : retours d’expérience d’unités de recherche et de services de l’UPPA
Iker, Item, Liuppa, Passages, UMS 3360 Centre d’imagerie, Direction du numérique – pôle « Applications Scientifiques »
11h15-11h30 : pause
11h30-12h00 : « L’ouverture des données de la recherche : quelle protection? quelles obligations pour le chercheur? », par Hélène Skrzypniak, enseignante-chercheuse en droit de la propriété intellectuelle (Irdap, université de Bordeaux)
12h-12h15 : échanges avec le public
12h15-14h : pause déjeuner libre pour les participants
14h-14h15 : présentation des ateliers
14h15-15h30 : ateliers en session parallèle ; les participants sont libres de changer d’ateliers en cours de session, mais la session ne reprend pas au début

Atelier 1 : Le plan de gestion des données, pour quoi faire? Jean-Philippe Talec

Le support de l’atelier est accessible uniquement aux personnes ayant participé à la journée d’étude depuis leur compte personnel Urfist

Atelier 2 : Publier et protéger ses données : aspects juridiques, Hélène Skrzypniak
L’objectif de cet atelier sera de revenir, à travers des exercices pratiques, sur les questions juridiques suivantes :
– Identification des données dont la publication est obligatoire/ interdite/ soumise à autorisation
– Conséquences de la publication des données pour le chercheur : peut-il s’opposer à la réutilisation de données publiées? Peut-il continuer à les exploiter? A quelles conditions?
– Intérêts et fonctionnement des licences libres
– Apport de la loi pour une République numérique (dite  » loi Lemaire »)
15h30-16h    plénière : restitution des ateliers
16h-16h15 : conclusion de la journée par Isabelle Baraille, VP Recherche UPPA

Open science, transparence et évaluation. Perspectives et enjeux pour les chercheurs

Argumentaire

S’il n’existe pas de définition canonique de l’open science, elle peut toutefois être définie comme un mouvement d’ouverture appliqué à l’ensemble des facettes du processus de recherche. L’open data, l’open peer review ou encore l’open access constituent ainsi autant de modalités de production et de diffusion de la recherche au service de l’open science. Dan Gezelter, chercheur en chimie et en biochimie, considère quant à lui qu’il faut avant tout concevoir l’open science à travers le prisme de 4 enjeux fondamentaux pour les scientifiques :

Transparency in experimental methodology, observation, and collection of data.
Public availability and reusability of scientific data.
Public accessibility and transparency of scientific communication.
Using web-based tools to facilitate scientific collaboration

(Gezelter 2016)

Selon Danny Kingsley, l’open science devient un enjeu particulièrement sensible dans un contexte de crise de la transparence de l’activité scientifique : « The veracity of the academic record is increasingly being brought into question (Kingsley 2016) ». La pression exercée sur les chercheurs pour publier à un rythme soutenu des résultats novateurs dans des revues à haut facteur d’impact a en effet fortement porté atteinte au processus scientifique (Kingsley 2016; Smaldino et McElreath 2016; Sarewitz 2016). Les modalités d’évaluation des chercheurs continuent de mettre l’accent sur l’activité de publication dans les revues.
Toutefois, les initiatives en faveur d’une recherche plus ouverte et plus transparente se multiplient. Comment ces pratiques peuvent-elles s’inscrire dans l’écosystème de la publication ? Quels sont les enjeux et les prérequis pour une recherche plus transparente ? Quelles réponses les chercheurs des disciplines à forts enjeux économiques peuvent-ils notamment apporter ?
Autrement dit, l’open science et son objectif de transparence relèvent-ils de l’utopie ? Dans le contexte hyper compétitif de la recherche, quel équilibre trouver entre collaboration et partage d’une part, protection des connaissances et respect de la propriété intellectuelle d’autre part ?

Sources

Gezelter, Dan. 2016. « What, exactly, is Open Science? | The OpenScience Project ». Consulté le novembre 25. http://www.openscience.org/blog/?p=269.

Kingsley, Danny. 2016. « RewarReward, reproducibility and recognition in research – the case for going Open ». Munin, novembre 21. http://dx.doi.org/10.7557/5.4036.

Sarewitz, Daniel. 2016. « The pressure to publish pushes down quality ». Nature News 533 (7602): 147. doi:10.1038/533147a.Smaldino, Paul E., et Richard McElreath. 2016. « The Natural Selection of Bad Science ». arXiv:1605.09511 [physics, stat], mai. http://arxiv.org/abs/1605.09511.

Programme

8h45-9h : Accueil des participants
9h-9h15 : Allocution de bienvenue, Andreas Enge, délégué scientifique du centre Inria Bordeaux Sud-Ouest
9h15-10h : Is « Open Science » a solution or a threat?
Danny Kingsley, responsable du département « Scholarly Communication », Université de Cambridge
The way research is disseminated has changed immeasurably since the advent of the internet, yet we still reward researchers in the same way – for publication of novel results in high impact journals.
This talk will start with a brief discussion of some of the big challenges the research sector is facing as a result and describe how Open Science can address these. The talk will then focus on the difficulty of introducing and implementing Open Science solutions.
Open Science questions the status quo, and potentially threatens the established reputation of both institutions and individuals.

It is not an easy concept to implement. While the discipline of Scholarly Communication takes a ‘meta’ view of the whole research ecosystem, most players in that system are working within a narrow view. It is very rare for individuals to be able to see beyond their own experience.
Challenges for people trying to implement Open Science initiatives range from practical issues in implementing change, through to the people skills and negotiations required to convince individuals and institutions that this change is necessary.
10h-10h15 : échanges avec le public
10h15-10h35 : pause café

10h35-11h20 : ReScience. Mieux qu’une recherche reproductible? une recherche répliquée (Reproducible Science is good. Replicated Science is better)
Nicolas Rougier, chercheur à l’Inria et membre de l’équipe projet Mnemosyne
Les chercheurs en informatique disposent d’une grande variété d’outils de conception de prototypes, de rédaction, de tests, de validation, mais aussi de partage et de réplication des résultats. Toutefois, les sciences computationnelles (analyse de données ou modélisation) accusent un retard. Dans le meilleur des cas, les auteurs fournissent les sources de leurs travaux sous forme d’une archive compressée et sont convaincus que leur recherche est ainsi reproductible. Mais ce n’est pas tout à fait vrai. Les paramètres à prendre en compte pour une réplication en bonne et due forme sont si nombreux que la probabilité de travailler avec la même configuration que celle de votre collègue est quasi nulle. Dès lors, comment garantir une recherche vraiment reproductible? ReScience est une revue à comité de lecture dédiée aux sciences computationnelles qui encourage la réplication de travaux déjà publiés. ReScience promeut également de nouvelles implémentations en open source afin de s’assurer que les travaux originaux soient reproductibles. De fait, toute la chaîne éditoriale s’en trouve modifiée, comparativement à une revue classique : ReScience est hébergée sur GitHub où chaque nouvelle réplication d’une étude est mise à disposition, accompagnée de commentaires, d’explications et de tests. Chaque soumission est analysée publiquement et testée pour que tout chercheur puisse s’en servir de nouveau. Des réplications dans les domaines des neurosciences, de la biologie, de la physique et de l’écologie sont déjà disponibles.
11h20-11h35 : échanges avec le public

11h35-12h20 : Open access en sciences de la vie : prédateurs, grand public, nouveaux enjeux
Hervé Maisonneuve, médecin et consultant, rédacteur du blog « Rédaction médicale et scientifique »
En science de la vie, l’open access et l’ouverture des données ont apporté des bénéfices et des risques. Les bénéfices : je veux tout, tout de suite, n’importe où et gratuitement… c’est presque obtenu. Il semble que plus de 50 % de la littérature biomédicale soit en open access. En pratique, pour les étudiants, c’est presque 100 % par les réseaux sociaux et des sites hébergeant tous les articles.
Mais 100 % d’open access suppose des utilisations hors du système pour éviter de payer en ligne les accès aux articles. Les chercheurs ne comprennent pas les nouveaux modèles économiques avec les APCs (article processing charge). Ils ne voient pas encore l’intérêt des archives ouvertes comme HAL, ou des registres d’universités.
L’open access n’a pas diminué la course aux revues à facteur d’impact élevé. La fausse innovation est publiée au détriment des réplications. Les Altmetrics pourraient se substituer au facteur d’impact, sans changer la très mauvaise qualité de le littérature. Les embellissements de données laissent à penser qu’environ 50 % des articles ne représentent pas la réalité des expérimentations. Des fraudes en médecine ont eu pour conséquences des morts suite à des soins, ou à l’absence de soins. Les risques existent avec le développement des revues dites prédatrices. Le volume annuel d’articles dits « prédateurs » est proche de 50 % du volume des articles indexés chaque année dans Medline.
La transparence et le partage des données ont d’autres conséquences : la consultation des articles en open access en médecine semble être le fait du grand public (75 % des internautes) plutôt que des chercheurs (25 %). L’émergence de chercheurs dits parasites, qui analysent de manière tendancieuse les données accessibles, anime aussi des débats contre l’ouverture des données.
12h20-12h35 : échanges avec le public

12h35-14h : buffet sur place offert

14h-14h30 : Valuation des connaissances et politiques d’open access en chimie
Marianne Noël, docteur en chimie et doctorante en sociologie au Lisis (Laboratoire Interdisciplinaire Sciences Innovations Sociétés)
La chimie demeure une discipline moins ouverte à la diffusion en open access que la physique ou la biologie. Le modèle le plus répandu actuellement est celui de l’APC (article processing charge) ou modèle « auteur-payeur », qui consiste à faire financer le coût de la diffusion en open access par l’institution du chercheur. La présentation de M. Noël va décrire la mise en place d’une initiative pilote en faveur de l’open access (à base de « vouchers »), lancée par une société savante majeure. Il s’agira d’analyser les pratiques de valuation comme un ensemble de pratiques sociales sur des sites distribués. La perspective historique permettra de mettre en lumière les évolutions du statut de la revue. Le rôle des professionnels sera également évoqué.

14h30-14h45 : échanges avec le public
14h45-15h15 : La propriété intellectuelle : alliée ou obstacle à l’open science ?
Hélène Skrzypniak, enseignante-chercheuse en droit de la propriété intellectuelle à l’Irdap (Institut de Recherche en Droit des Affaires et du Patrimoine)
La propriété intellectuelle est souvent perçue par le chercheur comme un obstacle à l’open science : elle impose des règles, pose des interdits, crée des exclusivités qui sont autant de freins à la libre diffusion et au partage des connaissances. Ainsi envisagée, propriété intellectuelle et open science apparaissent profondément antagonistes. Une telle conception est toutefois, si ce n’est erronée, au moins excessive. Elle fait fi des soubassements du droit de la propriété intellectuelle : assurer la diffusion de l’information et du savoir afin de faire progresser la connaissance et l’innovation. Loin d’être antagonistes, propriété intellectuelle et open science partagent donc des objectifs communs. De nombreuses règles du droit de la propriété intellectuelle garantissent ainsi la libre diffusion de la connaissance. D’autres protègent les droits du chercheur souhaitant partager ses données. Enfin, il faut souligner l’évolution récente du droit de la propriété intellectuelle qui a su s’adapter aux nouvelles pratiques des chercheurs comme en témoignent les nouvelles dispositions de la loi Lemaire. Aussi, s’il existe encore certains freins à la libre diffusion des données de la recherche, ces derniers s’amenuisent.

15h15-15h30 : échanges avec le public
15h30-15h50 : pause
15h50-16h30 : table ronde animée par Hervé Maisonneuve et conclusion de la journée

Contacts

Conception du programme de la journée, pilotage : Sabrina Granger (Urfist)

Comité d’organisation de la journée : Martine Courbin-Coulaud (Inria), Isabelle Scarpat-Bouvet (Urfist)


Open access et stratégie de publication : quels leviers pour faire évoluer ses pratiques de diffusion?

Argumentaire

L’accès libre aux résultats de la recherche publique soulève des enjeux scientifiques, citoyens et économiques. La loi pour une République numérique a été définitivement adoptée le 28 septembre 2016 (http://www.senat.fr/leg/pjl15-744.html). L’article 17 de la loi pour une République numérique avait été l’objet d’intenses débats : les chercheurs, dont les projets sont majoritairement financés par des fonds publics, disposent du droit de diffuser la version finale de leur manuscrit acceptée pour publication, sans coût pour leurs lecteurs.

Par ailleurs, les travaux de recherche doivent aussi être diffusés dans un format ouvert. Ces dispositions s’appliquent même en cas de cession exclusive à un éditeur. L’article 17 précise que les travaux de recherche peuvent être disponibles dès publication par l’éditeur, ou à défaut, « à l’expiration d’un délai courant à compter de la date de la première publication. Ce délai est de 6 mois pour les sciences, la technique et la médecine, et de 12 mois pour les sciences humaines et sociales ». L’Université de Limoges œuvre quant à elle depuis 2003 en faveur de l’open access par la mise en ligne des thèses de doctorat. D’autres initiatives ont suivi, avec par exemple la création d’un portail institutionnel hal-unilim en 2008 ou encore la publication de revues en ligne (Nouveaux Actes sémiotiques, Revue Dire…).

Au-delà du cadre des projets de recherche financés par des fonds publics, pourquoi et comment inscrire l’open access dans une stratégie de publication ? L’objectif de la journée est de rappeler les enjeux de l’open access mais surtout, de donner des réponses pratiques aux questions quotidiennes des chercheurs et de présenter les solutions mises en œuvre à Limoges et ailleurs, pour leur permettre de valoriser leur travail.

  • Puis-je déposer mon article en open access?
  • Pourquoi le faire dans une archive plutôt que sur un réseau social?
  • Pourquoi et comment payer les options proposées par les éditeurs?
  • Comment repérer facilement mes publications que je peux déposer?
  • Existe-t-il des outils pour créer sa revue en ligne?

Il s’agit d’être au plus près des préoccupations des auteurs. Dans cette perspective, la journée sera articulée en 2 temps : la matinée sera consacrée à des présentations des grands enjeux et des retours d’expériences, alors que l’après-midi seront proposés des ateliers.

universite_pantoneLa journée est co-organisée par la direction de la recherche, le service commun de la documentation de l’Université de Limoges et l’Urfist de Bordeaux.

Programme

  • 9h15 : accueil des participants
  • 9h20-9h30 : allocution de bienvenue 
  • 9h30-10h15 : « L’accès ouvert à la production scientifique : Enjeux et dispositifs », par Nathalie Reymonet, Manager de l’information scientifique, direction d’appui à la recherche et à l’innovation (DARI) de l’Université Paris Diderot
  • 10h15-10h30 : échanges avec le public
  • 10h30-10h50 : pause
  • 10h50-11h35 : retours d’expérience : Irène Langlet (enseignante-chercheuse en littérature contemporaine, Département langue et littérature françaises) ; Alexandra Beauchamp (enseignante-chercheuse au Centre de recherche interdisciplinaire en histoire, histoire de l’art et musicologie)
  • 11h35-12h10 : « Un nouveau modèle de revues en libre accès avec la plateforme EpiSciences« , par Hélène Lowinger, Service Information et Edition Scientifiques de l’Inria – 12h10-12h20 : échanges avec le public
  • 12h20-12h30 : présentation des ateliers et modalités de participation
  • 12h30-14h : pause déjeuner libre
  • 14h15-15h30 : ateliers en sessions parallèles

Ateliers proposés

  • Atelier « Prise en main de Dissemin » : Dissemin est un service gratuit pour aider les chercheurs à vérifier que leurs publications sont librement accessibles pour leurs lecteurs. Atelier animé par Patricia Mirabile (association Dissemin) http://dissem.in/
  • Atelier « Les frais de publication (APC) en question». Atelier animé par Nathalie Reymonet, Manager de l’information scientifique, direction d’appui à la recherche et à l’innovation (DARI) de l’Université Paris Diderot
  • Atelier « Déposer ses travaux dans HAL ». Atelier animé par Claire Douady (service commun de la documentation de l’Université de Limoges) https://hal-unilim.archives-ouvertes.fr/

Open access camp, ateliers collaboratifs sur l’open access : votre programme, vos interventions

2016-oa-camp-bordeaux-afficheQuoi et pourquoi? Un barcamp, soit une « non conférence », en prélude de la semaine internationale de l’open access. Le leitmotiv : « Pas de spectateur, tous participants »

Au menu : des ateliers courts qui ne sont ni des démos, ni des formations, mais des séances de travail collaboratif autour d’un thème. Pas de programme proposé à l’avance : celui-ci a été conçu sur la base des propositions des participants. Les propositions ont été synthétisées et rendues publiques quelques jours avant la manifestation.

Consulter les propositions de thèmes : https://docs.google.com/spreadsheets/d/12326TZ4X0lQh_ri77XDV-_p6Rp7h8VB3DyTvanrhn0w/edit?usp=sharing

Consulter le « post gramme » issu des contributions : http://bit.ly/2edAt4r

Pour qui? Tous publics intéressés par l’open access (doctorants et chercheurs, enseignants-chercheurs, personnels des services recherche, personnels des unités de recherche, professionnels de l’information et de l’édition scientifique, etc.).

La synthèse des ateliers

Restitution atelier 1 : « Marre de prêcher dans le désert? Renouvelons l’accompagnement vers le libre accès »

Restitution atelier 2 : « Le libre accès a-t-il besoin des institutions ? Nos institutions ont-elles besoin du libre accès? »

Restitution atelier 3 : « D’un échec annoncé à un projet gagnant :
la clé de vos succès pour le libre accès »

Consultez les tweets sur l’open access camp ; animateur du compte Urfist le 20/10 : Gilles Russeil (Université Bordeaux Montaigne)

Visionner la restitution des ateliers et les échanges via web TV Montaigne : chaque groupe a désigné un ou plusieurs rapporteurs pour exposer aux autres participants les contenus produits pendant la séance de travail


  • 9h30-12h30 : ateliers, sessions parallèles ; une pause en milieu de matinée est prévue au même moment pour donner l’occasion à ceux qui le souhaitent de participer à d’autres ateliers : attention, les ateliers ne reprennent pas dès le début après la pause, les échanges se poursuivent. Il ne s’agit pas d’une 2ème session d’un même atelier.
  • 12h30-14h : buffet
  • 14h-15h : restitution des ateliers par les participants

 FAQ de l’open access camp

« Quels peuvent être les thèmes? y a-t-il des thèmes exclus? »Tout fonctionne à partir du moment où il est question d’open access et que vous n’attendez pas une formation classique. Ex. : les nouveaux outils de l’édition scientifique en ligne ; BiorXiv et pratique du preprint en sciences du vivant ; les journaux en OA : crédibles ou pas ? La gestion des APC dans mon labo ; H2020 en pratique ; diffusion des données scientifiques en OA pour les non publiants ; les ressources humaines (compétences, organigramme, évolutions) ; la médiatisation de l’open access à destination des chercheurs ; la recherche de sources en OA, etc.

« Je n’ai pas de proposition de sujet, mais souhaite venir. Est-ce possible? » Oui, tous les intéressés sont les bienvenus à condition de participer aux échanges. Inversement, la proposition de sujet ne vaut pas pour inscription : pensez à vous inscrire aussi sur la plateforme de l’Urfist.

« Que dois-je prévoir? » Tout ce que vous souhaitez partager avec les autres. Prévoyez vos ordinateurs portables, tablettes, dossiers.

« Comme il n’y a pas de support de présentation pour les ateliers, comment avoir une trace des échanges? » Tous les ateliers donnent lieu à un compte-rendu, qui sera diffusé sur le site de l’Urfist de Bordeaux. Une restitution collective orale est aussi prévue le jour J pour clôturer la manifestation.


Les animateurs : – Caroline Abela : responsable du Centre d’Information Scientifique et Technique centre Regards, UMR Passages – Julien Baudry : responsable des services aux chercheurs et productions numériques, Service Commun de la Documentation, université Bordeaux Montaigne – Antoine Blanchard : chargé de programmes Numérique + Transfert, Mission Investissements d’avenir, Pôle Recherche International Partenariats et Innovation, université de Bordeaux – Sabrina Granger : responsable de l’Urfist de Bordeaux – Jérôme Poumeyrol : responsable de la mission « Services et soutien à la recherche », direction de la documentation, université de Bordeaux, chef de projet archive institutionnelle site bordelais

Les partenaires de l’Urfist de Bordeaux :

  • Arpist, réseau des documentalistes CNRS Aquitaine-Limousin
  • CNRS, délégation Aquitaine
  • Inria, centre Bordeaux Sud-Ouest
  • Sciences Po Bordeaux
  • Université Bordeaux Montaigne
  • Université de Bordeaux
  • L’open access camp est hébergé dans les locaux de l’UMR Passages et soutenu par le consortium Couperin.

 

Liste des stages à la demande

Doctorants et docteurs : boostez votre recherche d’emploi avec les outils numériques – demandeur : association Aquidoc

  • Atelier organisé dans le cadre du forum annuel de l’association Aquidoc
  • Intervenant : Geneviève Delporte est consultante et formatrice en stratégie de communication multicanale. Elle s’est spécialisée dans l’accompagnement des entreprises aux pratiques du numérique. G. Delporte a occupé des postes de chargée de communication et a été directrice adjointe de cabinet pour la Ville de Savigny-le-Temple.
  • 02/06/2016

Cartographier et visualiser des données – demandeurs : école doctorale « Sciences exactes et leurs applications », service commun de la documentation de l’Université de Pau et des Pays de l’Adour

  • Formation organisée à Pau dans le cadre des journées des doctorants (ED « Sciences exactes et leurs applications »)
  • Intervenants : docteur en chimie des polymères, Vincent Bergeot est formateur indépendant. Joris Sansen, doctorant au Labri (Laboratoire Bordelais de Recherche en Inforatique) conduit ses travaux au sein de l’équipe MaBioVis (Modèles et Algorithmes pour la Bioinformatique et la Visualisation d’informations)
  • 15/12/2015

Pédagogie innovante en bibliothèque universitaire : retour d’expérience de l’Université de Pau et des Pays de l’Adour – demandeur : direction de la documentation, Université de Bordeaux

  • Formation organisée dans les locaux de la direction de la documentation
  • Intervenants : bibliothécaire au SCD de l’UPPA, Joanne Guene-Mercher est en charge des formations documentaires. Elle fait partie des pilotes du projet pédagogie innovante. Krassimira Lacoustete est ingénieur pédagogique à la Direction du numérique de l’UPPA ; elle exerce ses missions au sein du pôle « Accompagnement et ressources Tice ».
  • 19/11/2015

Rédiger pour le web – demandeur : direction de la recherche, pôle ED, Université Bordeaux Montaigne

  • Formation organisée dans les locaux de l’Université Bordeaux Montaigne
  • Intervenant : Elisa de Castro Guerra, formatrice indépendante spécialisée dans le web et le graphisme. Ses études en sciences humaines l’ont conduite à réfléchir à l’ergonomie et l’utilisabilité des interfaces logiciels et web.
  • 18/09/2015

Initiation et perfectionnement au logiciel Stat R – demandeur : unité de recherche GRESCO (Groupe de recherche et d’études sociologiques du centre Ouest), Limoges

  • Formation organisée dans les locaux du laboratoire
  • Intervenant : Amandine Blin, ingénieur d’études statistiques à l’UPR « Dynamique de l’évolution humaine : individus, populations, espèces » CNRS
  • 18-21/05/2015 pour les niveaux initiation et perfectionnement

Gérer ses références bibliographiques avec Zotero – demandeur : unité de recherche PACEA (De la préhistoire à l’actuel, culture, environnement, anthropologie), Bordeaux (site de Pessac)

  • Formation organisée dans les locaux du laboratoire
  • Intervenant : Sabrina Granger, conservateur des bibliothèques et responsable de l’Urfist de Bordeaux
  • 06/01/2015

Mettre en œuvre un service de prêt de tablettes : retour d’expérience de la bibliothèque d’HEC – demandeur : service commun de la documentation, Université de La Rochelle

  • Formation organisée dans les locaux de la bibliothèque universitaire
  • Intervenant : Sandra Dupouy, chargée de projets en informatique documentaire à HEC
  • 21/11/2014

Gérer ses références bibliographiques avec Zotero – demandeur : unité de recherche SET (Société, environnement, territoire), Pau

  • Formation organisée dans les locaux de l’unité de recherche
  • Intervenant : Sabrina Granger, conservateur des bibliothèques et responsable de l’Urfist de Bordeaux
  • 24/06/2014

Initiation à la TEI – demandeur : centre de recherche sur la langue et les textes basques (IKER), Bayonne

Ateliers pour la journée des doctorants – demandeurs : école doctorale « Sciences exactes et leurs applications », service commun de la documentation, Université de Pau et des Pays de l’Adour

  • Atelier sur les cartes heuristiques ; intervenant : Paul-Henri Dumas
  • Atelier sur les ressources en open access pour les sciences dures ; intervenant : Sylvain Machefert
  • Programme de la journée
  • 09/12/2013

[Forum Aquidoc] Doctorants et docteurs : boostez votre recherche d’emploi avec les outils numériques

Objectifs


  • Rendre son profil de chercheur visible et lisible sur internet pour les recruteurs : prendre conscience de la perception que les employeurs ont des doctorants et docteurs, rendre son parcours attractif pour un recruteur, valoriser ses compétences
  • Mener des recherches d’information efficaces dans une perspective de recherche d’emploi : quels outils pour quels besoins? Comment tirer parti des services et fonctionnalités des sites?
  • Adapter son écriture pour le web

Programme


AquidocL’objectif de cet atelier, organisé dans le cadre du forum de l’association des jeunes chercheurs d’Aquitaine (Aquidoc), est de promouvoir les possibilités d’insertion professionnelle des docteurs et doctorants dans le secteur privé.

Les doctorants souhaitant intégrer le monde de l’entreprise sont souvent en concurrence avec des profils plus généralistes :

– l’ingénieur, le généraliste : il serait flexible et adaptable mais modérément expert. Susceptible de pouvoir se spécialiser par un complément de formation, ses compétences seraient plus faciles à optimiser aux yeux d’un recruteur.

– le docteur : il s’agit d’un expert mais son soi-disant manque d’adaptabilité est mal perçu par les employeurs. Son recrutement serait plus risqué.

Les doctorants et docteurs doivent apprendre à désamorcer un certain nombre d’idées reçues de la part des recruteurs. Il va falloir trouver les moyens de se distinguer face aux profils plus généralistes en ayant une bonne connaissance de la concurrence dans son secteur. Or on ne construit pas un profil sur les outils numériques comme on peut construire un CV ou une lettre de motivation papier.

Vous allez y raconter votre parcours, votre histoire, et surtout mettre en avant par des mots clefs ce qui fait votre valeur ajoutée et qui contredit la caricature du doctorant, éternel étudiant seul face à sa thèse, ou du docteur enfermé dans sa micro-spécialité. Comment valoriser votre parcours dans la recherche? Comment éviter le vocabulaire très technique, scientifique? comment rendre son parcours intelligible?

  • 02/06/2016
  • campus de Pessac, BU Droit-Lettres (arrêt de tram « Montaigne-Montesquieu »), 1er étage, salle de formation Urfist
  • session 1 : 10h-12h
  • session 2 : 14h-16h
  • inscriptions et informations sur le forum : contact@aquidoc.fr
  • l’atelier s’adresse à des doctorants et docteurs issus d’horizons disciplinaires divers. La formation sera centrée sur les outils numériques conseillés, les éléments de langage recommandés.

Les contenus des 2 sessions sont les mêmes :

  • étude de marché
  • choix des éléments de langage pour un bon positionnement de son profil
  • sélection des supports numériques les mieux adaptés à sa culture web et à ses objectifs d’insertion professionnelle
  • méthodologie d’animation de ses outils numériques
  • suivi de sa e-réputation

La rédaction de la lettre de motivation ne fait pas partie du programme de la formation.

Intervenant : Geneviève Delporte est consultante et formatrice en stratégie de communication multicanale. Elle s’est spécialisée dans l’accompagnement des entreprises aux pratiques du numérique.

Au-delà du facteur d’impact, quelles alternatives aux métriques traditionnelles ?

Argumentaire

En 1961, E. Garfield inventait l’Impact Factor, un indicateur comparant la notoriété des revues et pas celle des articles, contrairement à une idée communément répandue. Cette métrique, incontournable dans les domaines de l’évaluation et du pilotage de la recherche, suscite des controverses : biais, interprétations erronées voire pernicieuses, schéma inadapté à certains champs disciplinaires, etc.
Par ailleurs, la diversification des modes de diffusion scientifique a conduit à s’intéresser à d’autres types d’indicateurs. C’est en 2010 qu’apparaissent les premières occurrences du terme « Altmetrics » et que le champ d’étude des mesures alternatives apparaît véritablement. Ce phénomène protéiforme qui connait une rapide expansion fait encore l’objet d’un flou sémantique : Altmetrics (Article Level Metric) ou Almetrics (Alternative Metric). En effet, ces métriques alternatives recouvrent des indicateurs variés : le nombre de téléchargements et de consultations d’un article, le nombre de citations dans des revues scientifiques, les commentaires sur les réseaux sociaux, les partages et archivages ou encore les citations dans les médias généralistes. Elles servent donc tout aussi bien à mesurer la notoriété et l’audience d’un article que la grande diversité des activités autour de lui. L’instantanéité, l’impact sociétal de la recherche, la mesure des usages des données scientifiques constituent les points forts de ces mesures et offrent des bases nouvelles à la réflexion sur la bibliométrie.
Ces métriques constituent donc une alternative aux traditionnelles citations pour valoriser la recherche.

Dès lors, on peut se demander quel peut être l’apport des métriques alternatives aux systèmes d’évaluation très codifiés déjà déployés.
Quelle légitimité ces métriques peuvent-elles revendiquer ? Quelles réponses ces indicateurs peuvent-ils apporter? Dans quelle mesure l’émergence de métriques alternatives comme les altmetrics peut-elle ou non constituer une opportunité pour les chercheurs en SHS notamment ? Plus généralement, le recours aux indicateurs induit-il une forme de normalisation de la production scientifique ?

La journée d’étude est co-organisée par le Service Commun de la Documentation de l’Université de Pau et des Pays de l’Adour et l’Urfist de Bordeaux.
La journée est filmée, mais il n’y a pas de diffusion en temps réel ; la vidéo sera disponible après la journée d’étude.

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Programme

9h-9h15 : Accueil des participants
9h15-9h30 : Ouverture de la journée, par Laurent Bordes, vice-président recherche de l’UPPA
9h30-10h15 : « Métriques alternatives, enjeux et essai de définition », par Annaïg Mahé, enseignant-chercheur en sciences de l’information et de la communication (équipe de recherche Dicen IDF), co-responsable de l’Urfist de Paris
10h15-10h30 : Échanges avec le public
10h30-11h : « L’archive nationale HAL : services aux institutions, services aux chercheurs et statistiques« , par Christine Berthaud et Agnès Magron, Centre pour la Communication Scientifique Directe (CCSD)
11h-11h15 : Échanges avec le public
11h15-11h30 : Pause
11h30-12h15 : « De la bibliométrie au contrôle « bibliocratique » des sciences – Regard d’un sociologue sur la bibliométrie », par Pascal Ragouet, enseignant-chercheur à la faculté de sociologie de l’Université de Bordeaux, Centre Émile Durkheim (UMR 5116)
12h15-12h30 : Échanges avec le public
12h30-14h30 : Déjeuner – pause déjeuner libre pour les participants
14h30-15h15 : Témoignages de chercheurs : table ronde sur des pratiques de chercheurs animée par L. Bordes
Xavier Arnauld de Sartre (Société Environnement Territoire, SET) ; Richard Chbeir (Laboratoire Informatique de l’UPPA, LIUPPA) ; Laurent Jalabert (Identités, Territoires, Expressions, Mobilités, ITEM) ; Serge Rey (Centre d’analyse théorique et de traitement des données économiques, CATT) ; Germain Vallverdu (Institut des Sciences analytiques et de Physico-chimie Pour l’Environnement et les Matériaux, IPREM)
15h15-15h30 : Pause
15h30-15h50 : « Les métriques à l’université : services proposés aux chercheurs lillois », par Solenn Bihan, chargée de la mission « Appui à la recherche et information scientifique », Service Commun de la Documentation de l’Université Lille 2
15h50-16h10 : « Métriques et bibliothèques universitaires, quelles perspectives? »par Stéphane Harmand, membre de la Commission Recherche de l’Association des Directeurs et personnels de direction des Bibliothèques universitaires et de la documentation (ADBU), chef de la section Santé du Service Commun de la Documentation de l’Université Lille 2
16h10-16h20 : Échanges avec le public
16h20-16h30 : Conclusion de la journée par L. Bordes

Consulter le plan du campus de l’UPPA :
http://www.univ-pau.fr/live/vie/campus/pau/acces
Télécharger le plan du campus :
http://www.univ-pau.fr/live/digitalAssets/146/146408_Pau-2015.pdf

Vers de nouveaux paradigmes pour l’édition scientifique? Dynamiques de validation et de légitimité

Argumentaire

Pourquoi publier ses travaux dans une revue émergente, dont le modèle éditorial même déroge aux critères classiques? Pourquoi faire le pari d’une diffusion hors des circuits identifiés par les organismes d’évaluation de recherche? Certaines revues vont jusqu’à remettre en cause l’hégémonie du facteur d’impact.

En d’autres termes, l’innovation en matière d’édition scientifique a-t-elle un sens et un avenir?
Dans un post du blog Binaire – l’informatique : La science au cœur du numérique, publié dans Le Monde, P. Guitton souligne la nécessité pour les chercheurs d’explorer des modalités alternatives de diffusion de leurs travaux : « […] ne tombons pas dans l’angélisme, un épi-journal n’est pas un gage de qualité en lui-même, mais au moins laissons-lui la chance de prouver sa valeur de la même façon qu’une revue papier et évaluons le avec les mêmes critères. Il s’agit vraiment de bâtir un nouveau paradigme de publication et nous, scientifiques, en sommes tous les premiers responsables avant d’en devenir les bénéficiaires dans un futur proche ». (Guitton, Pascal. « La publication scientifique : Le temps des dérives ». Binaire. Consulté le 14 septembre 2015. http://binaire.blog.lemonde.fr/2015/04/17/la-publication-scientifique-le-temps-des-derives/.)
Alors que l’édition scientifique classique tire sa légitimité de processus très codifiés et que les systèmes d’évaluation actuels incitent a priori peu à explorer des alternatives, on assiste pourtant au développement de nouveaux formats de publications et à l’émergence de nouveaux processus d’éditorialisation des données. Des revues expérimentent quant à elles de nouveaux processus de validation des contenus.

Sur quelles dynamiques de légitimation les nouvelles formes de publications ou de validation peuvent-elles s’appuyer pour affermir leur place?

À quels besoins ces formes de publications émergentes répondent-elles? Quels sont leurs avantages compétitifs pour les chercheurs dans l’univers très normé des publications de recherche?

Enfin, quelles réponses ces évolutions éditoriales apportent-elles à la question de l’intégrité scientifique?

La journée est co-organisée par :

  • le CNRS, délégation Aquitaine, pôle « Formation permanente »
  • l’Inria : Centre de Bordeaux Sud-Ouest et IES-DGDS
  • l’Université de Bordeaux, pôle Ressources humaines et développement social, « Développement des compétences »

CNRS délégation Aquitaine logo_UB INRIA_CORPO_CMJN

Programme

Professeur des universités à l’Université de Bordeaux – Inria, Pascal Guitton est le grand témoin de la journée .
8h45-9h : Accueil des participants, remise des documents et du matériel de traduction
9h-9h10 : Ouverture de la journée par Olivier Beaumont, délégué scientifique Inria, centre Bordeaux Sud-Ouest
9h10-10h : « F1000 : Bringing Transparency to Peer Review », par Maaike Pols ( Scientific Outreach Executive, F1000Search). F1000 Research est une plateforme scientifique permettant une publication rapide de travaux ouvertement revus par les pairs (en post-publication). Les échanges entre auteurs et reviewers sont donc publics. Les post-prints sont publiés sans coût supplémentaires et référencés dans Pubmed. [intervention en anglais ; interprète : Gisèle Massol]
10h-10h15 : Échanges avec le public
10h15-10h35 : Pause
10h35-11h20 : « Les épi-journaux, un nouveau paradigme de validation des contenus? », par Gaëlle Riverieux, Service d’édition scientifique, Inria. Le principe du projet Inria est d’offrir un moyen de communication rapide des résultats scientifiques, validés et labellisés par des revues du meilleur niveau dans le domaine de l’informatique et des mathématiques appliquées.
11h20-11h30 : Échanges avec le public
11h30-12h30 : « Pourquoi le concept d’ « impact factor » a-t-il été enterré? », par Sylvain Delzon (chercheur à l’Inra-Université de Bordeaux et éditeur en chef du JPH, UMR Biogeco). « Qui a peur de l’impact factor? » pourrait résumer en une question le parti pris de la revue The Journal of Plant Hydraulics qui a refusé de recourir à cet indicateur pourtant massivement employé par les autres revues scientifiques.
12h30-12h45 : Échanges avec le public
12h45-14h30 : Déjeuner libre pour les participants
14h30-15h15 : « Publier un Data Paper pour valoriser ses données », par Dominique L’Hostis (Service d’appui à la recherche, Inra). Un data paper permet de décrire un jeu de données brutes et est soumis à un processus de validation, au même titre qu’un article classique. Pourquoi publier un data paper? Qu’est-ce qu’un data journal?
15h15-15h30 : Pause
15h30-16h30 : « Vers de nouvelles marques éditoriales? », par Olivier Bomsel, professeur d’économie industrielle à Mines Paris Tech et directeur de la chaire Mines Paris Tech « Economie des médias et des marques ». Les revues académiques servent à labelliser et contextualiser des résultats de recherche. Quels sont les impacts du numérique et notamment du libre accès sur le modèle de l’exploitation de leurs marques éditoriales? Quelle est l’utilité économique de ces marques? Toutes les disciplines sont-elles également concernées?
16h30-17h15 : Table ronde animée par Pascal Guitton et synthèse de la journée

Réseaux sociaux et recherche : impacts, enjeux, identités

Argumentaire

Alors que depuis plusieurs décennies, des outils spécialement conçus pour la diffusion des travaux de recherche sont proposés aux chercheurs, force est de constater la rapidité avec laquelle les auteurs se sont emparés des réseaux sociaux, généralistes comme spécialisés, pour accroître la visibilité de leur production. La facilité d’utilisation fait partie des arguments les plus fréquemment évoqués pour justifier le recours aux réseaux sociaux par un public académique. Mais l’utilisation de tels outils n’est pas réductible à la seule question de l’ergonomie et des fonctionnalités proposées. En effet, le recours aux réseaux sociaux a des impacts profonds sur les modalités de communication entre chercheurs et sur la manière de partager leurs travaux. L’engouement des chercheurs pour les réseaux sociaux n’est pas neutre et soulève la question de l’identité numérique de l’auteur.

Par ailleurs, si les réseaux sociaux représentent des outils conçus pour mettre en relation des individualités, se pose aussi la question du positionnement des organismes de recherche. Comment les chercheurs s’approprient-ils ces outils conçus pour faciliter la découverte et la collaboration ? Voit-on les communautés scientifiques se reconstituer à l’identique? Les réseaux sociaux permettent-ils de se retrouver plus facilement entre pairs ou favorisent-ils un décloisonnement des spécialités? Quels sont les usages des chercheurs des fonctionnalités dites »sociales »? Quels sont les mécanismes de légitimation des experts? Dans quelle mesure les réseaux sociaux modifient-ils la notion d’identité numérique des chercheurs? Quelles dynamiques identitaires voient-on émerger sur les réseaux sociaux lorsqu’il s’agit d’un public scientifique?

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La matinée d’étude est co-organisée par l’Université de Limoges (direction de la recherche et service commun de la documentation) et l’Urfist de Bordeaux. La matinée n’est pas filmée.

Programme

– 9h-9h20 : accueil des participants, remise des documents

– 9h20-9h30 : allocution de bienvenue, ouverture de la matinée par Claire Corbel, directrice du pôle Recherche de l’Université de Limoges

– 9h30-10h : « Réseaux sociaux et recherche : enjeux pour les chercheurs », par Sabrina Granger, conservateur des bibliothèques responsable de l’Urfist de Bordeaux 

– 10h-10h30 : Retours d’expérience de chercheurs de l’Université de Limoges : , Irène Langlet est professeure de littérature contemporaine et spécialiste de la science-fiction, de la littérature non-fictionnelle et des genres médiatiques contemporains, rédactrice en chef de la revue Res Futurae.

Elsa Thune est maitre de conférences à l’ENSCI (École nationale supérieure de céramique industrielle), membre du laboratoire SPCTS (Science des procédés céramiques et des traitements de surface).

– 10h50-11h20 : « Le chercheur dans les réseaux de la République digitale : présence, communautés et nouvelles publications », par Olivier Le Deuff, enseignant-chercheur à l’Université Bordeaux Montaigne. Les travaux d’O. Le Deuff portent entre autres sur l’analyse des évolutions communicationnelles et informationnelles liées aux environnements numériques.

– 11h20-12h10 : « Usage des réseaux sociaux par les organismes de recherche : état des lieux et évolutions 2012 – 2014″, par Mathieu Jahnich, fondateur du Sircome . Depuis 2012, Sircome réalise une étude annuelle de l’usage des réseaux sociaux par les organismes français de recherche : ANDRA, ANRS, ANSES, BRGM, CEA, CIRAD, CNES, CNRS, FCBA, IFPEN, IFREMER, IFSTTAR, IGN, INED, INERIS, INRA, INRAP, INRIA, INRS, INSERM, Institut Cancer, Institut Curie, Institut Pasteur, IPEV, IRD, IRSN, IRSTEA, MNHN, ONEMA, ONERA.

– 12h10-12h20 : « Rendre plus visible la recherche », par Diane Daian, responsable du service communication de l’Université de Limoges

– 12h20-12h30 : conclusion

Consulter le compte-rendu rédigé par le Sircome

Infos pratiques :

http://bit.ly/23DAMbA http://www.fdse.unilim.fr/article13.html http://www.tourismelimousin.com/A-voir/Villes-villages-et-patrimoine/fre-FR/Faculte-de-Droit

Hôtel de la Bastide, 32 rue Turgot, Limoges

Rôle et compétences des professionnels de l’IST pour l’accompagnement des projets de recherche, réseau Arpist

Consulter le compte rendu de l’après-midi

Argumentaire

La littérature professionnelle et les études dédiées à l’évolution des compétences des professionnels de l’information, qu’ils soient documentalistes ou personnels de la filière bibliothèques, se multiplient et témoignent d’une nécessité de mettre en perspective les enjeux auxquels sont confrontés ces professionnels. En effet, au-delà des évolutions de fiches de postes et d’organigrammes, on voit également apparaître de nouveaux métiers : data manager, data scientist. La notion de désintermédiation est également évoquée de manière récurrente : le développement de la documentation en ligne et de services à distance mais aussi l’appropriation par les chercheurs eux-mêmes d’outils tels que les réseaux sociaux ont modifié la relation entre le professionnel de l’information et ses usagers.

Quel(s) rôle(s) les professionnels de l’information scientifique et technique peuvent-ils jouer auprès des chercheurs à l’heure du text et data mining, de la gestion de données, de l’open access et autres évolutions dans le domaine des pratiques de recherche et de diffusion? Quels types de compétences mobiliser en termes d’ingénierie documentaire en vue d’accompagner des projets de recherche? A quelles étapes de ces projets les professionnels peuvent-ils intervenir ? Et quels types de collaborations avec d’autres corps de métiers développer? Quelles évolutions voit-on émerger?

L’après-midi d’étude du réseau des documentalistes CNRS Aquitaine-Limousin (Arpist) est co-organisée par la délégation CNRS Aquitaine et l’Urfist de Bordeaux.

arpistCNRS délégation Aquitaine

 

Programme

13h30 : accueil des participants autour d’un café de bienvenue, remise des documents

14h-14h45 : « Quelle place pour les professionnels de l’information scientifique et technique dans les projets d’humanités numériques? » Retour d’expérience d’Emmanuelle Morlock, ingénieur d’études CNRS en humanités numériques au laboratoire Histoire et Sources des Mondes Antiques (Hisoma, UMR 5189)

14h45-15h30 : « Rôles et compétences dans un projet de mise à disposition d’archives d’enquêtes qualitatives en SHS : le cas de beQuali« , par Sarah Cadorel et Émilie Groshens, respectivement archiviste et chargée de ressources documentaires au Centre de données socio-politiques (CDSP, Sciences Po – CNRS, Paris), en charge du projet de banque d’enquêtes qualitatives en sciences sociales beQuali.

15h30-16h : pause

16h-16h45 : « Quelles compétences et quels modes de formations pour les professionnels de l’IST ? » Perspectives nationales et bilan d’étape des travaux du segment 9 (Formation, compétences, usages) de la Bibliothèque scientifique numérique (BSN), par Joanna Janik de la Direction de l’information scientifique et technique du CNRS

16h45-17h : conclusion de l’après-midi par Olivier Le Deuff, enseignant-chercheur en sciences de l’information et de la communication à l’Université Bordeaux Montaigne (laboratoire Mica – Médiation, Communication, Information, Art)