Le book sprint challenge : 3 jours, 5 auteurs pour rédiger un manuel en français sur la reproductibilité de la recherche

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Qu’est-ce qu’un book sprint ?

(1 thème imparti + des chercheurs de disciplines variées, experts du sujet + 1 facilitateur)

+

1 table des matières ex nihilo

X

3 jours de travail intensif + de la motivation²

= 1 book sprint

A l’origine, les book sprints ont été conçus pour documenter les logiciels libres : il s’agit d’une adaptation des code sprints des développeurs. L’accent est mis sur le travail collaboratif entre participants aux compétences diversifiées. Il s’agit d’une pratique d’écriture collaborative, pas seulement collective. Tout est écrit durant le sprint. La post-production en revanche peut nécessiter plusieurs semaines de travail une fois le sprint passé. Sur une durée de 3 à 5 jours, le travail est effectué sous la houlette d’un facilitateur, dont le rôle est d’organiser les échanges.

Pourquoi le thème de la reproductibilité de la recherche ? A quels besoins répond le livrable ?

L’objectif du book sprint de l’Urfist de Bordeaux est d’aboutir à un document à forte visée pratique conçu par des chercheurs pour des chercheurs. La littérature sur la reproductibilité de la recherche est abondante, voire pléthorique. Dans ce contexte, quelle peut être la plus-value du futur livrable ?

  • la richesse même de la littérature sur le sujet peut décourager
  • une veille complexifiée par l’éclatement de la littérature dans des silos : disciplinaires (i.e. revues, littérature grise disciplinaire) comme techniques (i.e. : approche par langage informatique, par type d’outils)
  • peu de littérature en français
  • le risque de considérer ces problématiques comme déconnectées du cadre quotidien car trop difficiles à mettre en œuvre

Que peut apporter un book sprint à des chercheurs ?

Les enjeux et les objectifs d’un livrable issu d’un book sprint diffèrent de ceux des formats de publication classiques. Un book sprint permet de :

  • croiser des expertises dans un contexte moins formel qu’un colloque ou un séminaire
  • tester des idées avec des experts d’autres disciplines, collaborer avec des co-auteurs inattendus
  • expérimenter un mode de collaboration encore peu répandu dans le milieu universitaire français mais qui a fait ses preuves dans le milieu des logiciels libres
  • s’approprier une méthode de rédaction pour l’appliquer à d’autres projets : rédaction d’appels à projets, de supports pédagogiques, etc.
  • aboutir à une réalisation pour le bénéfice du plus grand nombre en peu de temps : le book sprint n’est pas conçu pour atteindre le même niveau de qualité qu’un article, mais permet de réaliser une 1re version d’un document pouvant évoluer par la suite

Auteurs : Loïc Desquilbet, Boris Hejblum, Arnaud Legrand, Pascal Pernot, Nicolas Rougier

Loïc Desquilbet

« Je suis professeur en biostatistique et en épidémiologie clinique à l’école nationale vétérinaire d’Alfort. Mon domaine de recherche couvre la recherche que j’effectue avec mes collègues et qui balaie tous les champs de la recherche clinique vétérinaire (principalement sur animaux de compagnie), et celle que je fais « pour moi », en rapport avec la gérontologie canine. Je travaille sur SAS, et ai conçu une macro SAS pour prendre en compte les variables quantitatives dans un modèle multivarié (Desquilbet, Stat Med, 2010). » L. Desquilbet

Boris Hejblum

« Je suis Maître de Conférence en biostatistique à l’ISPED à l’Université de Bordeaux, et j’exerce mon activité de recherche au sein de l’équipe SITSM dans le centre Inserm U1219 Bordeaux Population Health et Inria Bordeaux Sud-Ouest. Mes domaines de recherche concernent l’analyse de données biomédicales de grande taille, en particulier la statistique génomique dans le cadre de la recherche vaccinale ainsi que le traitement de dossiers médicaux informatisés par des approches de machine learning.

Je développe de nouvelles méthodologies statistiques implémentées sous forme de paquets R open-source permettant leur réutilisation, et la reproductibilité des résultats de mes publications. » B. Hejblum

Arnaud Legrand

  • Ses affiliations, son parcours : CNRS-Inria, thèse en 2003, HDR en 2015.
  • Ses domaines de recherche : « Évaluation (simulation, observation, statistiques, analyse de traces) et optimisation (optimisation combinatoire, ordonnancement, optimisation distribuée, apprentissage en ligne, …) de performance de grandes infrastructures de calcul (supercalculateurs, grille, calcul bénévole, clouds, …)»
  • Ses travaux en lien avec la reproductibilité de la recherche : « L’axe évaluation de mes travaux implique : des mesures sur des plateformes qui doivent être bien contrôlées pour estimer leur qualité, des transformations de données parfois complexes, des visualisations de données et des statistiques où il est important de garder trace du calcul pour pouvoir le vérifier ou le réutiliser dans un autre contexte. L’axe optimisation porte sur la proposition ou l’évaluation de méthodes souvent sophistiquées où il est également important de conserver les détails pour comprendre leur performance, comment les améliorer et dans quel cadre les utiliser. Plus concrètement, c’est essentiel dans mon domaine même si la pratique n’est pas si courante et après avoir compris comment améliorer ma propre pratique, je me suis engagé dans du prosélytisme Recherche Reproductible, en particulier avec un MOOC sur le thème fin 2018.» A. Legrand
  • Langages utilisés : C, perl/shell, R pour ceux que j’utilise au jour le jour
  • Site web
  • Compte Twitter

Pascal Pernot

« Je suis physico-chimiste théoricien, directeur de recherche au CNRS. Mes thématiques principales concernent la gestion des incertitudes en modélisation physico-chimique, et notamment la quantification des incertitudes de prédiction des méthodes de chimie quantique (DFT…) et moléculaire (simulation moléculaire…).

Je fais quelques cours aux niveaux M2 et doctorat, en lien avec les méthodes standardisées de propagation des incertitudes, ce qui m’a sensibilisé au vocabulaire international de métrologie, et à l’intérêt de ce type de vocabulaire.

Depuis plusieurs années, j’exploite les facilités des notebooks Rmarkdown et de l’environnement Rstudio/Github/Zenodo pour accompagner mes publications des données et codes nécessaires à la reproduction des résultats. Je suis très désireux et curieux d’acquérir de bonnes pratiques à appliquer à mon travail et à transmettre à mes collègues et étudiants. » P. Pernot

Nicolas Rougier

« Nicolas P. Rougier is a researcher at Inria, within the Mnemosyne project which lies at the frontier between integrative and computational neuroscience in association with the Institute of Neurodegenerative Diseases, the Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique, the University of Bordeaux and the CNRS.

In 2015, with Konrad Hinsen, he has co-founded the ReScience Journal in 2015 which is dedicated to the publication of computational replications.

He’s an expert in Python and has authored several resources (books & tutorials) related to the scientific Python stack (Numpy, Scipy, Matplotlib, OpenGL). » N. Rougier

Facilitatrice

Elisa de Castro Guerra, Active Design

Graphiste, membre de l’AFGRAL (association francophone des graphistes libres) et présidente de FlossManuals, Elisa de Castro Guerra est spécialiste du dessin vectoriel et des stratégies en ligne. Elle a travaillé sur le développement d’applications web pendant plusieurs années. E. de Castro Guerra milite pour l’utilisation des logiciels libres, en particulier par la facilitation d’écriture de documentations en langue française. E. de Castro Guerra anime ainsi régulièrement des book sprints pour des associations, des entreprises.

Coordinatrice du projet, co-facilitatrice

Sabrina Granger, conservateur des bibliothèques, Urfist de Bordeaux, Université de Bordeaux

Docteur en langue et littérature françaises (allocataire de recherche à Grenoble III), S. Granger est conservateur des bibliothèques. Ses différents postes l’ont amenée à travailler dans les domaines de l’informatique documentaire, la communication en BU et les services aux chercheurs. S. Granger est co-pilote du collège « Compétences et formations » du Comité pour la Science Ouverte.

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